Scientific data发表光裸星虫基因组

2023年5月，国家基因库生命大数据平台支撑科研成果在《Scientific data》发表。该研究题为“The first high-quality chromosome-level genome of the Sipuncula Sipunculus nudus using HiFi and Hi-C data”，基于 HiFi和Hi-C数据，首次构建了星虫动物染色体水平的高质量基因组图谱，为研究冠轮动物的遗传多样性和进化提供有价值的参考。

本研究中相关数据均已存储于国家基因库生命大数据平台（CNGBdb），项目编号为：CNP0003624。

星虫动物是一类具有真体腔、不分节的古老蠕虫类动物，在世界分布广泛，占据从滩涂到深海的多种生态位。但在动物界的演化地位尚不明确。

该论文以具有重要经济价值和生态价值的光裸星虫（俗称沙虫）为研究对象，利用HiFi和Hi-C技术，首次构建了星虫动物染色体水平的高质量基因组图谱。

组装的光裸星虫基因组大小为1,427Mb，contig N50和scaffold N50长度分别为29.46Mb和80.87Mb，大约97.91%的基因组序列锚定到17条染色体，注释到28,749个蛋白质编码基因。

基因组进化分析表明星虫动物应隶属于环节动物门，与多毛类拥有共同祖先。同时，光裸星虫基因组中分别有543个和97个显著扩张和收缩的基因家族（P < 0.05），扩张的基因家族主要参与细胞凋亡、解毒、免疫反应、氨基酸和脂肪酸代谢、氧化应激和能量代谢相关的通路。

该研究不仅有助于了解光裸星虫的进化地位和环节动物门亚群之间的进化关系，揭示光裸星虫对不同生活环境的潜在适应机制和认识冠轮动物的系统演化积累重要的基础资料，还为解析其独有的风味和丰富营养价值的来源提供理论依据。

广东海洋大学为该论文第一单位。水产学院郑哲副教授和王庆恒教授分别为文章第一作者和通讯作者。

参考文献：
Zheng, Z., Lai, Z., Wu, B. et al. The first high-quality chromosome-level genome of the Sipuncula Sipunculus nudus using HiFi and Hi-C data. Sci Data 10, 317 (2023). https://doi.org/10.1038/s41597-023-02235-7
信息及图片来源于：广东海洋大学水产学院官网