文献解读

CNSA目前已支撑发表多篇文献,覆盖方法学、数据库、植物、动物、微生物、疾病等方向。

Nat. Biotechnol. | iStar:通过整合空间转录组学与组织学推断超分辨率组织结构

摘要:《Nature Biotechnology 》发表了一种基于分层图像特征提取的方法 iStar,其能整合ST数据和高分辨率组织学图像,以超分辨率预测空间基因表达。

2024-02-26165

单细胞工具 | 利用CellHint自动协调和整合人类细胞图谱数据集的细胞类型

摘要:2023年12月,《Cell》发表了一种基于树的预测聚类工具CellHint,用于解决数据集之间在注释分辨率和技术偏差方面的细胞类型差异。

2024-02-21406

NC | scSpaMet:用于组织系统生物学的单细胞空间代谢组学与细胞类型特异性蛋白质分析

摘要:scSpaMet框架,通过将非靶向空间代谢组学和靶向多路蛋白成像整合到单一分析流程中,对人体组织中的单个免疫细胞和癌细胞进行蛋白质-代谢组学联合分析。

2024-02-05241

单细胞工具 | SnapATAC2:快速、可扩展、多功能的单细胞组学数据分析工具

摘要:2024年1月,《Nature Methods》发表了一种非线性降维算法SnapATAC2,不仅实现了对单细胞组学数据异构性的更精确捕获,而且还确保了高效的运行时间和内存使用,随细胞数线性扩展。

2024-01-2951

NC | scRNA-seq数据跨物种整合算法的基准测试和策略指南

摘要:《Nature Communications》发表研究论文,对28种基因同源性图谱方法和数据整合算法组合在各种生物环境中的表现进行了基准测试。

2024-01-0828

NC | GNTD:以空间和功能关系为依据,利用图引导神经张量分解重建空间转录组

摘要:《Nature Communications》发表了一种图引导神经张量分解(GNTD)模型,用于重建组织中的整个空间转录组。

2023-12-2823

热点综述 | 跨模态单细胞分析的最佳实践

摘要:近日《Nature Reviews Genetics 》发表了一篇综述文章,总结了单模态和多模态单细胞数据分析的独立基准研究,为最常见分析步骤提供全面的最佳实践工作方案。

2023-04-234096

数据存在CNGBdb,可以发哪些杂志?【J TRANSL MED】 |CNGBdb-Question Time

摘要:Journal of Translational Medicine是一本开放获取的期刊,重点关注人类实验中的信息,以优化基础科学和临床科学之间的沟通。

2023-04-193726

数据分析工具推荐 | adaptive-m6A:从RNA序列中鉴定物种特异性m6A修饰位点

摘要:近日,《Briefings in Bioinformatics》发表了一种基于注意力的深度学习方法adaptive-m6A,用于识别多个物种中的m6A位点。

2023-04-133722

Nature Methods | 空间组学数据库推荐:SODB

摘要:2023年2月,《Nature Methods》发表了一个综合性的空间组学数据库:SODB。

2023-04-111249

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