热点综述 | scRNA-seq细胞类型鉴定方法综合比较

摘要:2022年《Briefings in Bioinformatics》发表了一篇综述文章,使用不同组织测序技术和物种的14个公共 scRNA-seq数据集研究了8种监督和10种非监督细胞类型识别方法的性能。

2023-01-2864

Nat Ecol Evol新成果揭示海胆早期发育模式的进化变化,为海洋生物研究提供新思路

摘要:由美国杜克大学与青岛华大基因研究院联合发起的一项海胆胚胎与幼虫的遗传发育研究,通过基因组学和单细胞转录组学等多组学联合分析的方式,展示了两种海胆之间高度差异化的早期生活史,揭示海胆胚胎形成模式的早期事件发生对进化造成的影响,以及发现自然选择可以在大范围内迅速重塑发育过程中的基因表达。

2023-01-1745

热点综述 | 肿瘤微环境中的细胞间通信推断和分析:数据资源和计算策略

摘要:《Briefings in Bioinformatics》发表了一篇综述文章,介绍了 TME 中细胞间通信估计的管道配体-受体相互作用 (LRI) 数据资源和可视化工具,并且主要展示了七种经典的细胞间通讯评分策略,分析了各种细胞间串扰推断方法的优点和局限性。此外,还探讨了细胞间通讯识别过程中的挑战。

2023-01-1674

BASS:为单细胞分辨率的空间转录组学提供多尺度和多样本分析

摘要:一种计算方法BASS,支持单细胞分辨率空间转录组学的多尺度和多样本分析。

2023-01-1251

Nature 子刊:CRISPR Cas9/gRNA复合物的活性主要取决于特定的自由结合能范围和目标 PAM 环境

摘要:深圳华大生命科学研究院青岛华大青欧生命科学高等研究院Lars再生医学研究所罗永伦教授团队与丹麦哥本哈根大学Jan Gorodkin教授团队在Nature Communications杂志在线发表研究论文,报道了CRISPR Cas9/gRNA复合物在PAM周围的局部滑动对靶DNA特异性切割的重要影响。

2023-01-1126

Nat Biotechnol | SPOTS:一种允许在完整组织中大规模同时测量蛋白质标记物和全转录组的新方法

摘要:近日《Nature Biotechnology 》发表了一种允许在完整组织中大规模同时测量蛋白质标记物和全转录组的新方法:SPOTS,用于高通量同步空间转录组和蛋白质分析。

2023-01-0933

数据存在CNGBdb,可以发哪些杂志?【Cell reports】 | CNGBdb-Question Time

摘要:Cell reports发表涵盖整个生命科学领域的高质量论文。其发表的主要标准是新的生物学见解。

2023-01-0427

空转工具盘点 | 空间转录组细胞类型聚类方法综合比较

摘要:《Briefings in Bioinformatics》发表了综述文章,根据聚类性能鲁棒性计算效率和软件可用性对七个软件工具提供的15种聚类方法进行了综合测试。

2023-01-0338

NC | Spatial-ID:通过迁移学习和空间嵌入进行空间高分辨转录组数据的细胞注释

摘要:腾讯 AI Lab 联合深圳华大生命科学研究院团队,开发了一种基于自监督学习的空间转录组(spatially resolved transcriptomics,SRT)细胞注释方法Spatial-ID(SPATIAL cell type IDentifification),它集成了迁移学习和空间嵌入策略。

2022-12-2924

Nature子刊发表"一种新型大规模评估治疗性CRISPR脱靶的方法"

摘要:由深圳华大生命科学研究院青岛华大青欧生命科学高等研究院Lars再生医学研究所罗永伦团队丹麦哥本哈根大学Jan Gorodkin团队丹麦奥胡斯大学林琳团队以及哈佛医学院George M. Church团队再一次于大规模评估CRISPR脱靶方面取得重要进展。

2022-12-2824

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