空间转录组学和蛋白质组学提供了互补信息，改变了我们对复杂生物过程的理解。然而，这些模式的实验整合是有限的。为了克服这个问题，近日《Nature Biotechnology 》发表了一种允许在完整组织中大规模同时测量蛋白质标记物和全转录组的新方法：SPOTS，用于高通量同步空间转录组和蛋白质分析。

SPOTS是一种多模式方法，可以同时记录整个转录组和大量蛋白质信息，同时保留组织结构。SPOTS使用Visium slide的poly(A)捕获技术，同时通过DNA条形码抗体(聚(腺苷化)抗体衍生标签(ADTs)测量细胞内/外蛋白质水平，如CITE-seq和mRNA表达。再结合使用>30个蛋白标记的补充Visium转录组分析，SPOTS以高度可重复性的方式产生了优越的细胞类型、生物过程和表型的组织图谱。

（步骤1）将组织切片安装到Visium玻片上，固定10min，并用荧光和TotalSeq-A抗体（相同克隆）免疫染色（步骤2）90min, 同时存在poly-T阻断低聚物，以防止非特异性ADTs与载玻片表面结合。清洗后，在扫描显微镜下扫描组织以捕获组织结构和基准点（步骤3）。然后对组织进行渗透(步骤4)，RNA扩散到空间条形码上的poly-T寡核苷酸上。在组织消化（步骤5）和模板切换RT-PCR（步骤6）之后，生成基因表达和ADT文库，以保存相关的空间条形码和RNA序列/ADT抗体条形码（步骤7）。对基因表达和ADT文库进行测序，并使用指定的管道整合数据（步骤8）。

总之，SPOTS是一种允许在完整组织中大规模同时检测蛋白质标记物和全转录组的方法。SPOTS 的未来发展将包括与新兴的更高分辨率ST技术的进一步整合，以及捕获细胞中的体细胞突变、绘制TCR谱图或捕获体内扰动，这将进一步增强我们对免疫微环境中细胞间相互作用的理解。

（步骤1）将组织切片安装到Visium玻片上，固定10min，并用荧光和TotalSeq-A抗体（相同克隆）免疫染色（步骤2）90min, 同时存在poly-T阻断低聚物，以防止非特异性ADTs与载玻片表面结合。清洗后，在扫描显微镜下扫描组织以捕获组织结构和基准点（步骤3）。然后对组织进行渗透(步骤4)，RNA扩散到空间条形码上的poly-T寡核苷酸上。在组织消化（步骤5）和模板切换RT-PCR（步骤6）之后，生成基因表达和ADT文库，以保存相关的空间条形码和RNA序列/ADT抗体条形码（步骤7）。对基因表达和ADT文库进行测序，并使用指定的管道整合数据（步骤8）。