HMD: 人体共生微生物数据库


人体内栖息着数以亿计的微生物,这些小生灵们在整个人类进化史中伴随我们一同生存一同演化,但我们却对它们知之甚少。万幸测序技术和现代信息技术的飞速发展,如今我们终于有机会来更深入的了解这群最熟悉的陌生人了。

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备注:你可以输入样本编号, 项目编号, 分类等级名称 作为关键词Example: DLF004, HMD00003, Firmicutes.

本网站的三大主要模块包括


1  微生物

指与人体共生的微生物群落,目前数据库中主要收录的是来自人体肠道的细菌研究项目及其数据。

2  检索

鉴定某疾病或表型特征相关的微生物或微生物群落结构,寻找生物标志物或针对性的微生物疗法;探索微生物基因及其功能的富集特征,如重要代谢通路上的基因或抗生素抗性基因的含量高低;研究疾病相关的微生物和菌群的富集特征,来更深入的理解重要但所知甚少的微生物在其中行使的生理生化功能。

3  BLAST

序列比对

用户类别


1  微生物研究者

研究疾病相关的微生物和菌群的富集特征,来更深入的理解重要但所知甚少的微生物在其中行使的生理生化功能。

2  临床医生或疾病研究者

鉴定某疾病或表型特征相关的微生物或微生物群落结构,寻找生物标志物或针对性的微生物疗法

3  遗传或基因组学研究者

探索微生物基因及其功能的富集特征,如重要代谢通路上的基因或抗生素抗性基因的含量高低

统计


# 开放阅读框% 开放阅读框完整度全长(碱基对)平均长度(碱基对)N50(碱基对)N90(碱基对)最长最短% 门水平注释比例% 属水平注释比例% KO注释比例% eggNOG注释比例
9,879,89657.74%7,436,156,0557531,03538488,23010021.3%16.3%42.1%60.4%

*ORFs:开放阅读框

*N50:所有contigs按从长至短的顺序排列,某contig及比它更长的contigs相加的总长度超过所有contigs相加总长度的50%以上时,该contig的长度即为N50

*N90:所有contigs按从长至短的顺序排列,某contig及比它更长的contigs相加的总长度超过所有contigs相加总长度的90%以上时,该contig的长度即为N90

KO:KEGG(京都基因与基因组百科全书)同源基因组编号

*eggNOG(同源基因簇编号)

更多细节请参阅我们的文章

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