<2019第九期课程回顾>肿瘤新生抗原免疫疗法开发和临床应用

课程回放：

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CNGBdb组学/数据库系列课程开讲啦!
2019年10月31日<第九讲>上线
课程名称：肿瘤新生抗原免疫疗法开发和临床应用

讲师：刘耿  华大吉诺因生物信息研发负责人。深圳市“后备级”高层次专业人才，在国际知名期刊发表多篇研究论文，获得3项软件著作权和10项专利。

课程概要

1. 肿瘤与免疫治疗
2. 肿瘤新生抗原
3. 肿瘤新生抗原免疫疗法开发和临床应用

现场Q&A

1. Q：免疫治疗后发生超进展的原因是什么？
   A：超进展经常发生在抗体药上，目前细胞治疗尚未观察到有超进展的情况，超进展的发生可能与信号通路上基因突变的分子机制相关，但是就我所知具体这个深层次的原因尚未有定论。不过有一点需要说明，免疫治疗有个问题，我们需要去判断病人的进展是超进展还是假性进展。

2. Q：为了评价多肽疫苗的效果，在动物实验设计上应该选择那种动物模型？PDX模型（外源输入T细胞去杀肿瘤）还是同种移植瘤模型（动用小鼠自身免疫系统去对抗肿瘤）？
   A：目前我们在临床前动物实验中选择的是PDX模型。当然这里也有一个比较大的问题，因为我们研发的是人类的细胞治疗产品，我们很难用任何一种动物模型来完成验证。因为小鼠和人的免疫系统差别很大，并且细胞治疗需要获取足够的血，而小鼠取血也十分困难。

3. Q：每个患者的个性化靶点在IND能通过吗？请问你们的Neo-T是用通用新生抗原的靶点去诱导T细胞，还是患者个性化的新生抗原靶点来诱导？个性化的靶点如何去评估脱靶效应？
   A：每个患者的靶点都是特异性的（都需要按照我们的流程进行），这也是目前进行IND申报的一个难点。就目前的实验情况来看，脱靶并不会产生过多安全性的问题，所以安全性不是我们评估脱靶效应的主要问题，对于有效性可能会产生一些影响，我们也希望用更多临床数据来研究脱靶后的产生的问题。

4. Q：T细胞跟多肽或者mRNA在IND申请上，哪种更容易通过？
   A：多肽或者mRNA在药学工艺上更简单、可控，理论上来说它们在IND申报上有一定优势，但是为什么我们选择T细胞的策略？是因为疫苗（新抗原无论是多肽还是mRNA）是直接打到体内，都需要在体内通过DC细胞去刺激特异性杀伤的T细胞，而癌症患者免疫系统是受限的，多肽在患者体内完成这一系列免疫反应其效率是很低的，这也是我们没有选择这一策略的原因。另一个可以佐证的是，多肽或者mRNA疫苗都不是联用的，美国发表的两篇个体化疫苗都是和PD-1联用。

5. Q：吉诺因可以做质谱分析吗？预测出来的抗原先在体外做免疫原性测试，再把免疫原性强的抗原用作疫苗可行吗？
   A：吉诺因可以做质谱分析，不过质谱会存在一个问题，目前的质谱技术灵敏度不够高，只能够把细胞表面高丰度的抗原打出来，但新生抗原是突变产生的，肿瘤突变存在异质性，突变不属于高频，细胞表面高丰度的往往是普通抗原，新生抗原丰度是比较低的，所以单用质谱技术去检测新生抗原难度是很高的。我们通常都是质谱和高通量测序相结合的方式进行，即先用高通量测序数据建库，然后再结合质谱结果去鉴定肿瘤新生抗原。

6. Q：亲和力预测需要预先知道患者的HLA分型吗？
   A：必须。

7. Q：请问体外如何做的免疫原性验证？
   A：目前主要是通过ELISPOT和四聚体的方式去看。

8. Q：TSA-CTL是患者个性化的还是共享的一些靶点?
   A：TSA-CTL是个性化的靶点。我们很希望找到共享靶点，如果共享靶点非常有效的话我们就可以做成固定的药物，但是从目前的临床研究和前期数据分析来看我们还没有发现共享的靶点。

9. Q：从12例临床效果来看并不理想，有哪些因素影响？
   A：其中比较关键的因素还是和入组病人的情况相关，目前在中大肿瘤医院进行的临床实验的病人基本都是经过一线、二线、三线治疗到所有化疗方案无效的晚期病人，病人本身进展很快，有些病人在未完成我们的疗程就因为其他原因进展了。这也是目前我们评估疗效不是很理想的一个重要原因。

10. Q：如果做实体肿瘤组织的话，需要几个样品做前期的基因突变筛选？
    A：我们一般采用肿瘤样本，新鲜组织或切片都可以，但新鲜组织会更好，可以获取高质量的RNA样本进行测序，需要血液样本作为对照。一般采1个病灶就可以，如果患者有多个病灶，我们是希望采集到的多个病灶，这样可以覆盖不同的克隆。

11. Q：TCL的话，你们除了负载合成的抗原，还有对T细胞做任何改造么？如果没有的话，如何避免肿瘤微环境对于免疫细胞的抑制呢？
    A：没有，我们完全是自体刺激的TCL。这也是为什么我们在二期临床实验的时候需要和PD-1联用，希望通过PD-1来解除免疫微环境抑制的问题。

12. Q：不做RNA seq的话，是否会漏掉很多有价值的新生抗原？
    A：我们是希望做RNA seq，但是我们得到的样本类型不可控，新鲜组织就可以做，而切片样本无法提取高质量的RNA，做不了RNA seq。我们是希望得到新鲜组织做RNA seq，这对于肿瘤新生抗原准确性是一个很关键的步骤。

13. Q：CTC或者ctDNA作为测序原材料靠谱吗？
    A：目前CTC或者ctDNA由于其样本量的问题，在建库测序上还是存在很大问题，所以现在我们不考虑CTC或者ctDNA，还是需要实体瘤组织样本。

14. Q：只从RNA seq数据里，得到的新生抗原可靠吗？
    A：当然可以，但是RNA seq数据，除了肿瘤样本外还需要正常对照。

15. Q：高通量检出的体细胞突变都会当作新生抗原预测的候选吗？
    A：我们会找错义突变（即导致氨基酸改变的突变）作为候选。

16. Q：都要做TCR/BCR测序吗，只做RNA-seq行不行？
    A：目前不做TCR/BCR测序。TCR/BCR测序是在做临床观察时使用，例如在病人回输了我们的细胞后，我们用过看其TCR/BCR的克隆是否有变化，进而做一个疗效跟踪（而不是在工艺过程中使用）。

17. Q：液体瘤新抗原治疗可靠吗？
    A：目前我们没有做过液体瘤的方面。液体瘤采样也会是个问题，我们目前还没有尝试液体瘤的适应症。

18. Q：SNV和FRAME SHIFT来源的新抗原，您认为哪种更好？
    A：我个人认为FRAME SHIFT会更好，因为SNV产生的新抗原只有一个氨基酸的变异，其特异性没有FRAME SHIFT那样大段的变异来的强。理论上来说FRAME

19. SHIFT的免疫原性会更强。

审核：刘耿 图片来源：微课页面截图。