CRISPRCasdb:一个可以同时在线查询和识别CRISPR序列&cas基因的数据库 | CRISPR-Cas数据库推荐

2020-10-15 88其它数据库

CRISPR-Cas系统对基础研究和生物技术发展都具有重要意义。来自法国的研究人员开发了CRISPRCasdb,一个可以同时在线查询和识别CRISPR序列和Cas基因的数据库,为CRISPR–Cas系统多样性研究提供宝贵数据资源和分析工具。

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CRISPRCasdb包括了16990个完整的原核生物基因组(来自2973个物种的16650个细菌和来自300个物种的340个古细菌)。使用CRISPRCasFinder程序实现同时识别CRISPR序列和Cas基因并确定系统的类型和亚型。

如何使用CRISPRCasdb?

CRISPRCasdb为用户提供核酸序列/宏基因组序列CRISPR&Cas查询、基于菌株列表/菌株分类的数据浏览、BLAST、分析程序/数据下载功能。用户可以在导航栏或首页选择相关功能按钮进行分析。

核酸序列/宏基因组序列CRISPR&Cas查询

进入CRISPRCasFinder和CRISPRCasMeta页面,按照平台要求准备相关序列文件,上传并设置相关条件,执行程序即可,分析完成后结果将发送至预留邮箱。

其中CRISPRCasFinder还可以通过菌株信息搜索的方式得到目标菌株的CRISPR&Cas详细信息。

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基于菌株列表/菌株分类的数据浏览

用户可以根据菌株列表和菌株分类信息浏览CRISPRCasdb中的数据信息,浏览页面可以使用菌株信息(名称或分类ID)进行搜索,得到菌株的CRISPR&Cas详细信息。

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BLAST

用户可以使用BLAST功能完成短序列与CRISPRCasdb中重复序列或间隔区序列的比对。

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下载

用户可在“Download”页面下载CRISPRCasdb的分析程序/容器和数据。

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还有哪些基于web的CRISPR&Cas分析数据库?

研究团队还将CRISPRCasdb与其他基于web的CRISPR&Cas分析数据库进行了比较。

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CRISPI

https://crispi.genouest.org/
主要致力于CRISPR序列的识别;

CRISPRBank

http://bioanalysis.otago.ac.nz/CRISPRBank/

包括来自2733个菌株的CRISPR序列和Cas基因,可通过查询重复序列和间隔区访问;

CRISPRminer

http://www.microbiome-bigdata.com/CRISPRminer

提供了一个完整的和初步的原核生物基因组的CRISPR和cas基因数据,以及关于自我靶向、抗CRISPR基因和原型间隔区性质的其他信息。基因组可以通过提供菌株名称或RefSeq ID或分类来浏览。

CRISPRone

http://omics.informatics.indiana.edu/CRISPRone/

与CRISPRminer一样,以图形方式显示CRISPR序列和cas基因,并提供文件详细说明重复序列和间隔区。

CRISPRCasdb访问地址:https://crisprcas.i2bc.paris-saclay.fr/

参考文献
Pourcel C, Touchon M, Villeriot N, Vernadet JP, Couvin D, Toffano-Nioche C, Vergnaud G. CRISPRCasdb a successor of CRISPRdb containing CRISPR arrays and cas genes from complete genome sequences, and tools to download and query lists of repeats and spacers. Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D535-D544.

图片来源于CRISPRCasdb和参考文献,如有侵权请联系删除。

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