如何在CNGBdb存储单细胞数据? | CNGBdb-Question Time

2020-08-19 90CNGBdb

CNGBdb 的数据[存]储功能由旗下的国家基因库序列归档系统(CNSA,db.cngb.org/cnsa)负责,CNSA可实现单细胞【测序数据】和【分析数据】的一站式归档服务。

单细胞测序数据

单细胞的测序数据可在CNSA数据提交入口的实验/测序板块递交,递交流程可参考操作手册。

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单细胞分析数据

2020年8月7日,CNSA新增的单细胞数据归档功能,主要归档使用单细胞技术产生数据的分析结果,包括表达矩阵、MM坐标矩阵、聚类文件等。

#单细胞分析数据递交流程:在提交单细胞数据之前,请先创建项目和样本。

01 单细胞递交入口

在提交入口页点击“单细胞”进入提交流程。

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02 关联项目

填写该次提交的单细胞数据关联的项目编号和细胞数量。

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03 提交单细胞数据文件和元数据

先根据数据文件格式要求和数据上传方式上传数据文件。注意:基因表达文件必须提交,其他类型的文件可选。如果您的基因表达文件、元数据文件和聚类文件需要分组,请在文件名中添加分组名称。

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下载单细胞元数据提交模板,填写后上传。系统将依次校验提交文件中的每个表,如果字段校验不通过,请根据弹框提示的校验规则和错误行号进行修改,然后重新上传。

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元数据校验通过后,系统将对数据文件进行MD5值校验。您可以在数据文件模块查看数据文件状态,如果有未通过校验的文件,请点击“查看”并根据弹框中的提示信息做相应处理。

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04 个人中心查看递交结果

当数据文件的状态为“校验完成”时,请点击“提交”,系统会自动分配单细胞编号(CSEXXXXXXX),并在10秒后跳转到我的提交-单细胞,可在此页面元数据状态列可以查看单细胞数据编号并下载元数据文件。

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CNGBdb-Question Time是『国家基因库大数据平台』公众号策划的全新栏目,用提问的方式告你CNGBdb的正确使用方式,每周三更新。欢迎大家通过推文留言区、公众号后台、听课君微信告诉小编,你对CNGBdb的任何疑问,你的提问留言将在此栏目做回答哟!

在CNGBdb递交数据的过程中遇到任何问题都可以联系:datasubs@cngb.org.

本期供稿/复核:CNGBdb 郭学芹
Dr.羊&听课君设计原创:CNGBdb 魏晓锋
编辑:尐尐呅

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