2022NAR数据库特刊：新冠数据库合辑

此前2022Nucleic Acids Research生物数据库特刊上线，包含185篇文章：其中87篇论文报告了新数据库；85篇更新了该期先前发表的资源；13篇提供了最近在其他期刊发表的数据库的更新。

2022NAR特刊-新冠数据库合辑

7个数据库特别关注COVID-19和SARS-CoV-2。

SCoV2-MD

该数据库是一个跨学科数据库，旨在研究病毒3D蛋白质组的结构生物学、其动力学和病毒变体表型之间相互作用的各种问题。其使用分子动力学（MD）方法产生的模拟，以研究病毒蛋白的结构-动力学-功能关系。通过追踪所有在大流行期间测序并存放在GISAID平台中的可用变异，将分子数据与大流行的演变进行交叉对比。

数据库地址：https://submission.gpcrmd.org/covid19/

COVID19db

数据信息：该平台整合了GEO中95个COVID-19相关的人类转录组数据集，以及DrugCentral和KEGG中2037种药物、1116个靶点和207条途径之间的39 930种相互作用。这些数据集包含与33种微生物和33种药物/药剂暴露有关的13个身体部位的4127个样本的转录组。每个数据集都用丰富的临床信息进行了人工注释，并为准确的数据检索和应用开发进行了标准化。

分析工具：该平台部署了14种不同的分析应用程序，可根据数据集中样本的临床信息，通过定制分组和设置来分析这些综合数据。此外，其还提供了一个Web Service工具，允许用户使用自己的转录组数据执行14种不同的分析。值得一提的是COVID19db提供了一个药物发现工具，在整个转录组尺度上发现COVID-19及其相关疾病的潜在药物和可操作靶点。

数据库地址：
http://hpcc.siat.ac.cn/covid19db
http://www.biomedical-web.com/covid19db/

ESC

该平台是首个最全面的SARS-CoV-2免疫逃逸变异资源，其包含从60多篇研究SARS-CoV-2变异及其对免疫逃逸影响的文章中精确整理的5258个变异条目，其中2068个独特的变异针对230种抗体、患者康复期血浆和疫苗突破性事件进行了测试。用户友好的web界面可用于检索有关免疫逃逸变异及其广泛功能注释的信息。

数据库地址：http://clingen.igib.res.in/esc/

SCovid

SCovid旨在提供一个全面的单细胞数据资源。当前版本的SCovid记录了10个人类组织的21个单细胞数据集的1042 227个单细胞，11 713个稳定表达的基因和3778个重要的差异表达基因（DEGs）。SCovid还提供了一个用户友好的界面，用于浏览、搜索、可视化和下载所有的详细信息。

数据库地址：http://bio-annotation.cn/scovid

T-cell COVID-19 Atlas

T-cell COVID-19 Atlas是一个综合门户网站，包含由最流行的SARS-CoV-2变异和CD8/CD4表位的生物信息学分析生成的综合数据，可以分析SARS-CoV-2变异如何改变HLA分子对病毒肽的表达。其将有助于研究人员和临床医生预测不同HLA基因型个体对SARS-CoV-2变异感染的易感性和/或预测其严重程度。

数据库地址：https://t-cov.hse.ru/

Ensembl COVID-19 resource

该资源整合了一个新的Ensembl基因集、多个变异集以及来自与参考 SARS-CoV-2 组装序列比对的多个相关资源的注释。自2020年5月首次发布以来，内容已使用新的快速发布工作流程定期更新，并集成了Ensembl Variant Effect Predictor等工具。

数据库地址： https://covid-19.ensembl.org

VarEPS

VarEPS是一个SARS-CoV-2变异评估和预警系统，包括SARS-CoV-2基因组的已知和虚拟变异，以实现对变异株所带来风险的快速评估。该数据库从基因组学和结构生物学的角度，全面分析了已知变异和虚拟变异对ACE2和中和抗体的理化性质、翻译效率、二级结构和结合能力的影响。

数据库地址：https://nmdc.cn/ncovn/

CNGBdb 病毒数据平台

VirusDIP

VirusDIP整合了CNGBdb、GISAID、NCBI病毒序列数据资源，可提供元信息检索和数据下载，并提供多种工具，为基础研究（病原体鉴定、溯源、致病机理等）和医学研究（早期诊断、辅助治疗、疫苗/新药研发等）提供数据支持。其子库COVID-19数据库和GISAID EpiCoV™镜像库实时更新新冠数据信息。

数据库地址：https://db.cngb.org/virusdip/

参考文献

[1] Torrens-Fontanals,M., Peralta-Garc´ıa,A., Talarico,C., Guix a-Gonz´alez,R., Giorgino,T. and Selent,J. (2021) SCoV2-MD: a database for the dynamics of the SARS-CoV-2 proteome and variant impact predictions. Nucleic Acids Res., https://doi.org/10.1093/nar/gkab977.
[2] Zhang,W., Zhang,Y., Min,Z., Mo,J., Ju,Z., Guan,W., Zeng,B., Liu,Y., Chen,J., Zhang,Q. et al. (2021) COVID19db: a comprehensive database platform to discover potential drugs and targets of COVID-19 at whole transcriptomic scale. Nucleic Acids Res., https://doi.org/10.1093/nar/gkab850.
[3] Rophina,M., Pandhare,K., Shamnath,A., Imran,M., Jolly,B. and Scaria,V. (2021) ESC: a comprehensive resource for SARS-CoV-2 immune escape variants. Nucleic Acids Res., https://doi.org/10.1093/nar/gkab895.
[4] Qi,C., Wang,C., Zhao,L., Zhu,Z., Wang,P., Zhang,S., Cheng,L. and Zhang,X. (2021) SCovid: single-cell atlases for exposing molecular characteristics of COVID-19 across 10 human tissues. Nucleic Acids Res., https://doi.org/10.1093/nar/gkab881 [5] Nersisyan,S., Zhiyanov,A., Shkurnikov,M. and Tonevitsky,A. (2021) T-CoV: a comprehensive portal of HLA-peptide interactions affected by SARS-CoV-2 mutations. Nucleic Acids Res., https://doi.org/10.1093/nar/gkab701.
[6] De Silva,N.H., Bhai,J., Chakiachvili,M., Contreras-Moreira,B., Cummins,C., Frankish,A., Gall,A., Genez,T., Howe,K.L., Hunt,S.E. et al. (2021) The Ensembl COVID-19 resource: ongoing integration of public SARS-CoV-2 data. Nucleic Acids Res., https://doi.org/10.1093/nar/gkab889.
[7] Sun,Q., Shu,C., Shi,W., Luo,Y., Fan,G., Nie,J., Bi,Y., Wang,Q., Qi,J., Lu,J. et al. (2021) VarEPS: an evaluation and prewarning system of known and virtual variations of SARS-CoV-2 genomes. Nucleic Acids Res., https://doi.org/10.1093/nar/gkab921.
图片均来源于数据库官网，如有侵权请联系删除。