CNGBdb科研支撑成果汇 | 新冠研究合集：柳叶刀、Cell子刊、Nature子刊

CNGBdb下属的CNSA板块不仅是数据管理助手，还是文章发表助手，截至2021年2月26日，CNSA已支持论文发表223篇，发表期刊125个，包括The Lancet、Nature、Science、Cell等。

CNGBdb支撑科研成果发表新冠研究合集

The Lancet

2020年1月3日，华大基因与中国科学院微生物研究所、山东第一医科大学通力合作完成了4条新冠病毒数据的组装，并第一时间上传至CNGBdb，在进一步确认对末端序列的完成和相关伦理审批合规后，于2020年1月22日正式释放，项目编号：CNP0000881。2020年1月30日，CNP0000881数据相关研究论文在医学顶刊柳叶刀（The Lancet）发表，揭示了新冠病毒的基因组和流行病学特征。

DOI：https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30251-8

Immunity

北京时间7月20日，中国疾控中心、深圳华大生命科学研究院、北京地坛医院、深圳国家基因库等机构科学家联合在Cell子刊Immunity杂志（IF：22.5）上在线发表题为“Single-cell sequencing of peripheral blood mononuclear cells reveals distinct immune response landscapes of COVID-19 and influenza patients”的研究论文，系统描绘了新冠患者外周血免疫细胞的整体免疫反应特征，发现新冠肺炎患者免疫响应模式与发病轻重程度有密切关联。此项研究产生的单细胞转录组原始数据和中间过程数据已存储于CNGBdb，项目编号为：CNP0001102。

*上述研究数据为受控数据。如有下载需求请向国家基因库数据受控中心(CDA)申请授权。

DOI：https://doi.org/10.1016/j.immuni.2020.07.009

Nature Communications

2020年10月，来自中国、丹麦、英国、德国、加拿大等多国研究机构联合开展的一项研究发现核因子E2相关因子2(NRF2)激动剂4-辛基衣康酸（4-OI）和富马酸二甲酯（DMF）诱导了一个独特的抗病毒程序，该程序有效地限制了病毒复制，并抑制了包括SARS-CoV2在内的人类病原病毒的促炎症反应。此项研究的结果表明NRF2激动剂是可信的广谱抗病毒和抗炎药，重新利用临床批准的化合物DMF可能代表了一种快速适用的治疗COVID-19相关疾病的策略。此项研究成果已发表在《Nature Communications》上。此项研究中在存在或不存在4-OI的情况下分析HSV感染的HaCaT细胞所生成的RNA测序数据已存储于CNGBdb，项目编号为：CNP0001039。

DOI：https://doi.org/10.1038/s41467-020-18764-3

Genome Medicine

2020年6月30日，深圳华大生命科学研究院、广州医科大学第一附属医院等单位的科研人员在Genome Medicine在线发表了题为"Multiple approaches for massively parallel sequencing of SARS-CoV-2 genomes directly from clinical samples"的研究论文，首次利用扩增子和全基因组测序系统地研究新冠病毒的个体间和个体内变异，也是第一次对多种方法进行比较研究。此项工作为新冠病毒和其他新兴病毒的基因组测序和分析提供了实用的解决方案。支持此项研究结果的数据已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000951和CNP0000955。

DOI：https://doi.org/10.1186/s13073-020-00751-4

2021年2月，广州医科大学第一附属医院、深圳华大生命科学研究院等单位的科研人员在Genome Medicine在线发表了题为"Intra-host variation and evolutionary dynamics of SARS-CoV-2 populations in COVID-19 patients"的研究论文，利用宏转录组和杂交捕获文库的高通量测序，鉴定了从8名COVID-19患者收集的序列样本的共识基因组和宿主内单核苷酸变异（iSNVs），分析了沿SARS-CoV-2基因组的iSNVs分布，并确定了COVID-19患者中共存的iSNVs，还比较了SARS-CoV-2种群在呼吸道（RT）和胃肠道（GIT）中的进化动态。本次研究阐明了SARS-CoV-2在不同解剖部位的宿主内瓶颈和进化动力学，并可能为理解冠状病毒和其他RNA病毒的病毒-宿主相互作用提供新的见解。支持此项研究结果的数据已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000997和CNP0001004。

DOI：https://doi.org/10.1186/s13073-021-00847-5

Cellular & Molecular Immunology

2020年10月9日，广州市第八人民医院、华大基因、广东省疾病预防控制中心、中国科学院大学华大教育中心、华南理工大学等机构科学家联合在《Cellular & Molecular Immunology》发表其最新研究成果，发现针对新冠病毒受体结合域的特异性体液免疫应答受损与病毒在胃肠道中的持久性和周期性脱落有关，对防止病毒传播和开发有效疫苗至关重要。支持此项研究结果的测序数据已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0000944和CNP0001099。

DOI：https://doi.org/10.1038/s41423-020-00550-2

Cell Discovery

2020年11月10日，深圳市第三人民医院联合深圳华大生命科学研究院在国际知名学术期刊《细胞发现》（Cell Discovery）发表了题为“Initial whole-genome sequencing and analysis of the host genetic contribution to COVID-19 severity and susceptibility”的研究成果，发现新冠症状严重程度与患者自身遗传因素有关，为认识新冠的作用机制、科学防控新冠肺炎疫情提供了参考。支持这项研究结果的数据，包括五组患者群体基因多态性统计信息和全基因组关联研究的统计结果已存储于CNGBdb，项目编号为：CNP0001107。

*上述研究数据为受控数据。如有下载需求请向国家基因库数据受控中心(CDA)申请授权。

DOI：https://doi.org/10.1038/s41421-020-00231-4

Clinical and Translational Medicine

2022年2月，深圳华大生命科学研究院联合华中科技大学同济医学院附属同济医院和襄阳中心医院在国际知名学术期刊《Clinical and Translational Medicine》发表了题为“Accurate classification of COVID‐19 patients with different severity via machine learning”的研究成果，首次提出了236例COVID-19患者的跨组学情况，并开发了一种极端梯度增强（XGBoost）机器学习模型，以利用多组学数据来预测COVID-19严重程度，区分轻度和重度COVID-19患者，以便早期干预，防止重症的疾病进展。支持这项研究结果的数据已存储于CNGBdb，项目编号为：CNP0001126。

*上述研究数据为受控数据。如有下载需求请向国家基因库数据受控中心(CDA)申请授权。

DOI：https://doi.org/10.1002/ctm2.323

Frontiers in Medicine

2021年2月，深圳华大生命科学研究院、广州医科大学第一附属医院等单位的科研人员在Frontiers in Medicine在线发表了题为"Population Bottlenecks and Intra-host Evolution During Human-to-Human Transmission of SARS-CoV-2"的研究论文，通过对家庭内部和跨家庭的COVID-19患者中SARS-CoV-2的病毒种群进行表征和比较表明，病毒在人类呼吸道中具有活跃的复制活动，并且在同一宿主中共存着基因不同的病毒。病毒种群之间的宿主间比较进一步揭示了来自同一家庭的患者之间存在狭窄的传播瓶颈，表明随机动态在宿主间和宿主内的演变中都起着主导作用。支持此项研究结果的数据已存储于CNGBdb，项目编号：CNP0001111。

*上述研究数据为尚未公开，如有下载需求请向作者申请。

DOI：https://doi.org/10.3389/fmed.2021.585358

参考文献：
[1] Lu R, Zhao X, Li J, et al. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet. 2020 Feb 22;395(10224):565-574.  [2] Zhu L, Yang P, Zhao Y,  et al. Single-Cell Sequencing of Peripheral Mononuclear Cells Reveals Distinct Immune Response Landscapes of COVID-19 and Influenza Patients. Immunity. 2020 Sep 15;53(3):685-696.e3.
[3] Olagnier, D., Farahani, E., Thyrsted, J. et al. SARS-CoV2-mediated suppression of NRF2-signaling reveals potent antiviral and anti-inflammatory activity of 4-octyl-itaconate and dimethyl fumarate. Nat Commun 11, 4938 (2020). 
[4] Xiao, M., Liu, X., Ji, J. et al. Multiple approaches for massively parallel sequencing of SARS-CoV-2 genomes directly from clinical samples. Genome Med 12, 57 (2020).  [5] Hu, F., Chen, F., Ou, Z. et al. A compromised specific humoral immune response against the SARS-CoV-2 receptor-binding domain is related to viral persistence and periodic shedding in the gastrointestinal tract. Cell Mol Immunol 17, 1119–1125 (2020). 
[6] Wang, F., Huang, S., Gao, R. et al. Initial whole-genome sequencing and analysis of the host genetic contribution to COVID-19 severity and susceptibility. Cell Discov 6, 83 (2020). 
[7] Wang, Y., Wang, D., Zhang, L. et al. Intra-host variation and evolutionary dynamics of SARS-CoV-2 populations in COVID-19 patients. Genome Med 13, 30 (2021). 
[8] Wang D, Wang Y, Sun W, et al. Population Bottlenecks and Intra-host Evolution during Human-to-Human Transmission of SARS-CoV-2Population Bottlenecks and Intra-host Evolution during Human-to-Human Transmission of SARS-CoV-2[J]. Frontiers in Medicine, 2021.
[9] Sun C, Bai Y, Chen D, et al. Accurate classification of COVID‐19 patients with different severity via machine learning[J]. Clinical and Translational Medicine, 2021, 11(3).
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