STOmicsDB升级助力科研数据共享|4步搞定空间组可视化数据集

在当今的生物学研究领域，数据可视化已经成为了科学家们不可或缺的“超级助手”。近日，时空组学数据库（）全新上线数据可视化（Data Visualization）功能：支持研究人员创建自己的可视化数据集，其中可视化结果不仅满足文章发表的需求，同时还实现了数据的公开受控管理，促进数据共享和再利用。

 

时空组学数据库（STOmicsDB）(db.cngb.org/stomics/)

 

 

什么是可视化数据集？

可视化数据集是通过数据处理和分析，将复杂的生物学数据转化为直观的图形化展示形式的集合，它能帮助科研人员快速理解数据背后的生物学意义，发现那些隐藏的科学规律。

可视化数据集的展示结果可包含: 空间基因表达谱、细胞类型注释、统计分析结果、差异富集分析结果、细胞互作网络等。

 

 

为什么选择STOmicsDB？

STOmicsDB 是一个综合性的空间组学数据库，其具有数据归档和数据可视化两大核心功能，为时空组学研究提供“一站式”数据服务。

 

 

DIY高质量可视化数据集

支持如下可视化形式：

▸ 空间基因表达图谱（直观展示基因在空间中的表达分布）。

▸ 细胞类型注释（基于标记基因对细胞类型进行注释）。

▸ 细胞互作网络（揭示细胞间的显著交互关系）。

▸ 差异富集分析（识别不同细胞类型间的差异基因，并进行功能富集分析）。

 

分析结果满足论文发表需求

提供标准化的分析和可视化结果，便于引用和展示。

 

实现数据公开受控管理

支持如下数据公开与受控共享：

▸ 原始数据：未经处理的或质控过滤后的表达矩阵。

▸ 处理后的数据：标准化处理后的表达矩阵。

▸ 自定义数据：用户提交的分析结果或注释。

 

促进数据共享与再利用

通过标准化和可视化，提升数据的可用性和价值。

 

* 注：STOmicsDB数据服务及引用数据集/数据库说明
▸ 数据归档

用例：用于归档测序数据（例如 FASTQ、BAM）和相关元数据。创建项目以系统地管理数据并确保符合数据标准。

数据归档指南：

https://db.cngb.org/stomics/submission/submission_help

▸ 数据可视化

用例：用于创建表达数据的可视化（例如基因表达矩阵）。支持生成丰富的可视化（例如基因表达图、聚类结果、空间注释）并创建数据集以供探索和共享。

可视化创建指南：

https://db.cngb.org/stomics/submission/creation_help

 

▸ 如何引用数据库和数据集

 

如何在STOmicsDB创建可视化数据集？

STOmicsDB 提供了简单易用的可视化创建流程，4个关键步骤搞定可视化！小白也能轻松上手。

 

1. 访问可视化创建界面

▸访问STOmicsDB官网，点击导航栏“Submission→Data Visualization“或首页Data Visualization→Submit按钮：

 

▸进入可视化创建界面：

 

 

2. 开始新的可视化创建

▸点击 ”新建创建“，系统将生成一个唯一的创建编号（如 `stc0000xxx`）：

 

 

3. 完成创建详细信息

▸上传数据：

- 下载并填写可视化创建模板。

- 上传模板文件，选择数据上传方式（如 FTP 或 Aspera）。

- 系统检测完成后，点击 ”检查文件并下一步“。

 

 

▸提供其他信息：

- 填写提交者姓名、项目名称等附加信息。

 

4. 可视化管理

▸在”创建列表界面“管理已创建的可视化。

▸对未完成的创建，可点击”修改“ 继续编辑，或点击”删除“ 移除。

▸对已完成的创建，可申请权限进行修改或删除。

 

👨‍💻 STOmicsDB由CNGBdb团队开发及维护，使用过程中遇到任何问题或有意见建议均可通过如下邮箱联系我们：

💬  P_STOmicsDB@cngb.org

🔧查看更多STOmicsDB介绍和帮助：https://db.cngb.org/stomics/help

🤝 如有将可视化数据集升级到数据库需求的用户可联系我们咨询报价。

电话：0755-36307296
客服：听课君(微信号：xhhx1990)

 

| 本文供稿及审核：CNGBdb-马喜政