Description: 单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 为准确理解基因表达调控机制提供了前所未有的能力。然而，scRNA-seq 研究在植物中存在局限性，因为需要酶消化各种植物组织的细胞壁，原生质体分离困难。为了克服这个问题，我们开发了一种不依赖荧光激活细胞分选 (FACS) 的细胞核分离方法。我们通过将非 FACS 单核 RNA 测序 (snRNA-seq) 方法与基于从同一批叶子材料中提取的原生质体的 scRNA-seq 结果进行比较，验证了成熟拟南芥植物组织中无 FACS 单核 RNA 测序（snRNA-seq）方法的稳健性。测序结果证明了 snRNA-seq 数据的高质量，以及它在细胞类型分类和标记基因识别中的实用性。这种方法还显示出几个优点，包括能够使用冷冻样品、减少悬浮液制备时间、减少有偏差的细胞覆盖和解离诱导的转录伪影。令人惊讶的是，snRNA-seq 检测到了两个表皮路面细胞簇，尽管 scRNA-seq 只有一个。此外，基于簇特异性表达基因表达模式的差异，我们推测这两个表皮细胞代表上表皮和下表皮。综上所述，本研究推进了snRNA-seq在拟南芥叶片中的应用，证实了snRNA-seq在植物研究中的优势。

Data type: Raw sequence reads; Other

Sample scope: Other

Release date: 2023-01-04

Last updated: 2021-12-13

Data size: 661.58GB