Codeplot
简介
脚本
输入
输出
umap
简介

embed the neighborhood graph using umap

脚本
输入
任务名称变量名称类型描述
*
      main
    project_nameString
      项目名称
    
*
      main
    anndataFile
      输入的 annotated 矩阵文件， .h5ad后缀的hdf5 格式
    
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      main.umap
    spreadFloat
      嵌入点的有效尺度.与min_dist结合使用可确定聚类点的聚集程度/聚集方式.
    
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      main.umap
    negative_sample_rateInt
      在优化低维聚类时,每个正边/1-单纯形样本使用的负边/1-单纯形样本数
    
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      main.umap
    n_componentsInt
      聚类的维数
    
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      main.umap
    min_distFloat
      嵌入点之间的最小有效距离.较小的值将导致更多的聚集/聚集嵌入,其中流形上的相邻点绘制得更近,而较大的值将导致点的分布更加均匀.该值应相对于排列值进行设置,该值决定嵌入点将展开的比例.
    
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      main.umap
    memoryString
      任务运行的内存数量,注意1.取值范围为0.25核-32核,另外还可选48核和64,CPU必须为0.25核的整数倍;2.内存取值范围>为1GB-512GB,且内存必须为1GB的整数倍3.CPU/内存配比值必须在1:2到1:8之间
    
*
      main.umap
    init_posString
      如何初始化低维聚类,可选值['paga', 'spectral', 'random'], ndarray, None] (默认值: 'spectral')
    
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      main.umap
    gammaFloat
      低维嵌入优化中负样本的加权.大于1的值将导致负数样本的权重更大.
    
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      main.umap
    dockerString
      --
    
*
      main.umap
    cpuString
      任务运行的CPU数量,注意1.取值范围为0.25核-32核,另外还可选48核和64,CPU必须为0.25核的整数倍;2.内存取值范围为1GB-512GB,且内存必须为1GB的整数倍3.CPU/内存配比值必须在1:2到1:8之间
    
*
      main.umap
    alphaFloat
      嵌入优化的初始学习速率.
    
输出
任务名称变量名称类型描述
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      main
    clustfileFile
      通过填写 this.xxx将输出文件地址返回到对应表格 xxx 列
    
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      main
    h5adfileFile
      通过填写 this.xxx将输出文件地址返回到对应表格 xxx 列