简介
脚本
输入
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scATAC-seq_analysis_base_on_ArchR
简介
scATAC-seq analysis base on ArchR is a tool for ATAC-seq basic analysis with ArchR, including qc、 mapping、clusters、visualization、marker genes and cell annotation
脚本
输入
| 任务名称 | 变量名称 | 类型 | 描述 |
|---|---|---|---|
| * scATAC_analysis_base_on_ArchR | FragmentFiles | File | 单细胞ATAC数据 |
| * scATAC_analysis_base_on_ArchR | ref | String | 参考基因组的版本 |
| * scATAC_analysis_base_on_ArchR | sample_name | String | 样本名称 |
输出
| 任务名称 | 变量名称 | 类型 | 描述 |
|---|---|---|---|
| * scATAC_analysis_base_on_ArchR | Arrow | File | ArrowFiles文件 |
| * scATAC_analysis_base_on_ArchR | ArchRProject | File | ArchRProject文件 |
| * scATAC_analysis_base_on_ArchR | QC | File | 质控结果 |
| * scATAC_analysis_base_on_ArchR | Sample_Clusters | File | 聚类结果 |
| * scATAC_analysis_base_on_ArchR | Marker_Gene | File | Marker 基因 |
| * scATAC_analysis_base_on_ArchR | PredictedsubGroup | File | 细胞类型注释 |
| * scATAC_analysis_base_on_ArchR | Projrds | File | 分析结果保存 |