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简介
脚本
输入
输出
pca
简介

this workflow normalize counts per cell and ogarithmize the data matrix by scanpy.pp.normalize_total and scanpy.pp.log1p

脚本
输入
任务名称变量名称类型描述
*
      main
    project_nameString
      项目名称
    
*
      main
    anndataFile
      输入对象格式：anndata
    
*
      main.pca
    zero_centerBoolean
      如果为真,则从协方差矩阵计算标准PCA.如果为False,则省略中心零变量使用TruncatedSVD,这样可以有效地处理稀疏输入.传递None根据数据的稀疏性自动决定.
    
*
      main.pca
    use_highly_variableBoolean
      是否只使用存储在.var['highly_variable']中高度可变基因.默认情况下,如果事先确定了它们,则使用它们.
    
*
      main.pca
    svd_solverString
      SVD的方法
    
*
      main.pca
    n_compsInt
      要计算的主成分数.默认值为50,或1-选定表达的最小尺寸.
    
*
      main.pca
    memoryString
      任务运行的内存数量,注意1.取值范围为0.25核-32核,另外还可选48核和64,CPU必须为0.25核的整数倍;2.内存取值范围>为1GB-512GB,且内存必须为1GB的整数倍3.CPU/内存配比值必须在1:2到1:8之间
    
*
      main.pca
    dockerString
      --
    
*
      main.pca
    cpuString
      任务运行的CPU数量,注意1.取值范围为0.25核-32核,另外还可选48核和64,CPU必须为0.25核的整数倍;2.内存取值范围为1GB-512GB,且内存必须为1GB的整数倍3.CPU/内存配比值必须在1:2到1:8之间
    
输出
任务名称变量名称类型描述
*
      main
    pngfileArray[File]
      通过填写 this.xxx将输出文件地址返回到对应表格 xxx 列
    
*
      main
    h5adfileFile
      通过填写 this.xxx将输出文件地址返回到对应表格 xxx 列