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脚本
输入
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edgeR
简介
Differential expression analysis of digital gene expression data by edgeR
脚本
输入
| 任务名称 | 变量名称 | 类型 | 描述 |
|---|---|---|---|
| * GetDegByedgeR | qual_file | File | 转录组定量文件,csv或者xlsx格式, |
| * GetDegByedgeR | group_file | File | 分组文件，可以为csv或者xlsx文件，必须包含sample和group两列，其中sample的名称必须在定量文件中存在 |
| * GetDegByedgeR | gene_colname_w | String | 定量文件中gene编号所在列名 |
| * GetDegByedgeR | compare_groups_w | Array[String] | 需要比较的分组，比较组之间用“-VS-”连接如["DE-VS-ES", "DE-VS-GT"], |
| GetDegByedgeR | scatter_number_tmp | Int | 图片中样本关系展示数目 |
| GetDegByedgeR | qvalue_tmp | Float | q-value数值 |
| GetDegByedgeR | foldchange_tmp | Int | 一个量在原始测量值和后续测量值之间的变化量的度量值即fold change值 |
| GetDegByedgeR | do_merge_tmp | Boolean | 如果为true,合并所有定量分析文件 |
输出
| 任务名称 | 变量名称 | 类型 | 描述 |
|---|---|---|---|
| GetDegByedgeR | tot_csv | File | 所有的定量分析文件.通过填写 this.xxx将输出文件地址返回到对应表格 xxx 列 |
| GetDegByedgeR | scat_file_w | File | 样品关系图.通过填写 this.xxx将输出文件地址返回到对应表格 xxx 列 |
| GetDegByedgeR | mscal_file_w | File | 通过填写 this.xxx将输出文件地址返回到对应表格 xxx 列 |
| GetDegByedgeR | bcv_file_w | File | 通过填写 this.xxx将输出文件地址返回到对应表格 xxx 列 |
| GetDegByedgeR | mv_file_w | File | 通过填写 this.xxx将输出文件地址返回到对应表格 xxx 列 |
| GetDegByedgeR | sm_files_w | File | 通过填写 this.xxx将输出文件地址返回到对应表格 xxx 列 |
| GetDegByedgeR | vol_files_w | File | 通过填写 this.xxx将输出文件地址返回到对应表格 xxx 列 |
| GetDegByedgeR | diff_files_w | File | 通过填写 this.xxx将输出文件地址返回到对应表格 xxx 列 |