简介

基因序列之间的系统发育关系是比较生物学研究的基础。它为理解地球上生命的进化和多样性提供了框架，并能够在生物之间推断生物学知识。

OrthoFinder是一个快速，准确和全面的比较基因组学分析工具。它找到正交群(orthogroups) 和 直系同源(orthologs)，推断所有正交群的根基因树，并识别这些基因树中所有的基因复制事件。它还为被分析的物种推断出一个有根的物种树，并将基因复制事件从基因树映射到物种树的分支。OrthoFinder还提供了比较基因组分析的全面统计。

本工作流采用 OrthoFinder 2.4.1版本，用户输入输入文件既可以得到结果。

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更多信息可查看工具论文：

Emms, D.M. and Kelly, S. (2019) OrthoFinder: phylogenetic orthology inference for comparative genomics. Genome Biology 20:238

Emms, D.M. and Kelly, S. (2015) OrthoFinder: solving fundamental biases in whole genome comparisons dramatically improves orthogroup inference accuracy. Genome Biology 16:157

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该工具由国家基因库团队提供。如有任何问题或疑虑，请联系 CNGBdb@cngb.org