单细胞技术

细胞是生物学的基本单位,研究人员正更加努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。单细胞测序是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组,更大更复杂的人类细胞基因组。

单细胞工具 | scGPT:利用生成式AI构建单细胞多组学基础模型

摘要:2024年2月,《Nature Methods》发表单细胞生物学的基础模型 scGPT,该模型是基于跨越3300多万个细胞库的生成式预训练转换器。

2024-03-041211

Nat. Biotechnol. | iStar:通过整合空间转录组学与组织学推断超分辨率组织结构

摘要:《Nature Biotechnology 》发表了一种基于分层图像特征提取的方法 iStar,其能整合ST数据和高分辨率组织学图像,以超分辨率预测空间基因表达。

2024-02-261071

单细胞工具 | 利用CellHint自动协调和整合人类细胞图谱数据集的细胞类型

摘要:2023年12月,《Cell》发表了一种基于树的预测聚类工具CellHint,用于解决数据集之间在注释分辨率和技术偏差方面的细胞类型差异。

2024-02-211440

NC | scSpaMet:用于组织系统生物学的单细胞空间代谢组学与细胞类型特异性蛋白质分析

摘要:scSpaMet框架,通过将非靶向空间代谢组学和靶向多路蛋白成像整合到单一分析流程中,对人体组织中的单个免疫细胞和癌细胞进行蛋白质-代谢组学联合分析。

2024-02-05522

单细胞工具 | SnapATAC2:快速、可扩展、多功能的单细胞组学数据分析工具

摘要:2024年1月,《Nature Methods》发表了一种非线性降维算法SnapATAC2,不仅实现了对单细胞组学数据异构性的更精确捕获,而且还确保了高效的运行时间和内存使用,随细胞数线性扩展。

2024-01-29355

NC | scRNA-seq数据跨物种整合算法的基准测试和策略指南

摘要:《Nature Communications》发表研究论文,对28种基因同源性图谱方法和数据整合算法组合在各种生物环境中的表现进行了基准测试。

2024-01-08274

NC | GNTD:以空间和功能关系为依据,利用图引导神经张量分解重建空间转录组

摘要:《Nature Communications》发表了一种图引导神经张量分解(GNTD)模型,用于重建组织中的整个空间转录组。

2023-12-28223

NC | MSInuit:基于人工智能的预筛选工具,用于从结直肠癌组织学切片中检测MSI

摘要:2023年11月,《Nature Communications》发表了一种基于人工智能(AI)的预筛查工具MSInuit,用于从苏木精-伊红 (H&E) 染色的载玻片中检测MSI。

2023-12-21163

NC | SPACEL:基于深度学习的空间转录组结构表征

摘要:2023年11月,《Nature Communications》发表了一个基于深度学习的工具包 SPACEL,用于ST数据处理和分析。

2023-12-19158

Qmatey:一个用于宏基因组快速精确匹配比对和菌株水平分类分级的自动化流程

摘要:2023年10月,《Briefings in Bioinformatics》发表了一种自动分析流程定量宏基因组比对和分类精确匹配(Qmatey),可执行基于精确匹配的快速比对,并整合分类分级和分析。

2023-12-14160

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