免疫组库

免疫组库(Immune Repertoire,IR)是指在任何指定时间,某个个体的循环系统中所有功能多样性B细胞和T细胞的总和。

CoSTA:用于空间转录组分析的无监督卷积神经网络学习方法

摘要:CoSTA:一种通过卷积神经网络(ConvNet)聚类学习基因表达矩阵之间空间相似性的新方法。

2021-09-2210

前沿综述 | 利用机器学习进行多组学数据分析

摘要:探讨了多组学的数据整合机器学习方法及其应用(被用来深入了解正常生理功能和疾病存在时的生物系统),为计划在多组学研究中使用ML方法的跨学科专业人士提供见解和建议。

2021-09-14141

盘点 | 空间转录组下游分析工具大PK,你在用哪个?

摘要:来自澳大利亚的研究团队回顾了用于分析不同空间分辨率转录组学(SRT)数据集的可用软件包和流程,重点是识别空间变异基因(SVG)以及其他目标,同时讨论了在生物数据中建立标准化“ground truth”以进行基准测试的重要性和挑战。

2021-09-062101

Nature子刊 | scArches:单细胞数据 × 深度学习新策略

摘要:一种新的深度学习策略:scArches,使用迁移学习和参数优化来实现高效分散迭代的参考图谱构建和新数据集与现有参考图谱的关联,而无需分享原始数据。

2021-09-02275

热点综述 | Nature Methods:利用空间组学和多路成像技术探索癌症生物学

摘要:来自澳大利亚的科研团队在《Nature Methods》发表综述文章,总结了空间技术在肿瘤研究中的应用,并讨论了目前的方法和未来的机会,以计算整合这些模式实现对肿瘤生物学的综合评估。

2021-08-30156

热点综述 | Nature:利用空间转录组技术探索组织结构

摘要:近日,来自美国的科研团队在《Nature》发表综述文章,回顾了常见的空间转录组技术,讨论了这些方法产生的数据的探索原则,检查了空间转录组在不同的实验设计中的效用,并强调了该技术通过与其他模式的整合实现生物学洞察的前景。

2021-08-233571

deepMNN:基于深度学习模型进行scRNA-seq批次效应校正的新方法

摘要:文章提出了一种新的基于深度学习模型进行单细胞RNA测序数据(scRNA-seq)批次效应校正的方法deepMNN。

2021-08-19369

【珍藏版】热点综述 | 人类脑疾病的多组学数据资源和综合分析总结

摘要:来自美国的研究人员在《Briefings in Functional Genomics》发表综述文章,总结了健康对照组和神经精神疾病人脑的主要多组学数据资源,包括精神分裂症自闭症双相情感障碍阿尔茨海默氏病帕金森病进行性核上性麻痹等。回顾了近年来单细胞技术在大脑研究中的发展(如单核RNA-seq单细胞ATAC-seq和空间转录组学),同时进一步研究了组织和单细胞数据的综合多组学分析方法。最后讨论了人脑疾病多组学研究的局限性和未来方向。

2021-08-09678

stPlus:利用scRNA-seq数据中的信息精确增强空间转录组学分析

摘要:来自清华大学的科研团队提出了stPlus,一种基于参考序列的方法,利用scRNA-seq数据中的信息来增强空间转录组学分析。

2021-08-053292

Tutorial | 单细胞转录组数据【细胞注释指南】

摘要:来自加拿大的研究人员在《Nature protocols》发表细胞注释教程综述,介绍了单细胞转录组数据分析中细胞注释的一般工作流程,涵盖可用于每个步骤的软件工具和资源的指导原则和具体建议。

2021-08-02834

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