免疫组库

免疫组库(Immune Repertoire,IR)是指在任何指定时间,某个个体的循环系统中所有功能多样性B细胞和T细胞的总和。

热点综述 | scRNA-seq细胞类型鉴定方法综合比较

摘要:2022年《Briefings in Bioinformatics》发表了一篇综述文章,使用不同组织测序技术和物种的14个公共 scRNA-seq数据集研究了8种监督和10种非监督细胞类型识别方法的性能。

2023-01-2836

热点综述 | 肿瘤微环境中的细胞间通信推断和分析:数据资源和计算策略

摘要:《Briefings in Bioinformatics》发表了一篇综述文章,介绍了 TME 中细胞间通信估计的管道配体-受体相互作用 (LRI) 数据资源和可视化工具,并且主要展示了七种经典的细胞间通讯评分策略,分析了各种细胞间串扰推断方法的优点和局限性。此外,还探讨了细胞间通讯识别过程中的挑战。

2023-01-1618

BASS:为单细胞分辨率的空间转录组学提供多尺度和多样本分析

摘要:一种计算方法BASS,支持单细胞分辨率空间转录组学的多尺度和多样本分析。

2023-01-1217

Nat Biotechnol | SPOTS:一种允许在完整组织中大规模同时测量蛋白质标记物和全转录组的新方法

摘要:近日《Nature Biotechnology 》发表了一种允许在完整组织中大规模同时测量蛋白质标记物和全转录组的新方法:SPOTS,用于高通量同步空间转录组和蛋白质分析。

2023-01-0914

空转工具盘点 | 空间转录组细胞类型聚类方法综合比较

摘要:《Briefings in Bioinformatics》发表了综述文章,根据聚类性能鲁棒性计算效率和软件可用性对七个软件工具提供的15种聚类方法进行了综合测试。

2023-01-0313

NC | Spatial-ID:通过迁移学习和空间嵌入进行空间高分辨转录组数据的细胞注释

摘要:腾讯 AI Lab 联合深圳华大生命科学研究院团队,开发了一种基于自监督学习的空间转录组(spatially resolved transcriptomics,SRT)细胞注释方法Spatial-ID(SPATIAL cell type IDentifification),它集成了迁移学习和空间嵌入策略。

2022-12-299

Brief Bioinform. | 如何使用人工智能进行多种药物相互作用预测?

摘要:近日,《Briefings in Bioinformatics》发表了一篇综述文章,系统地回顾了人工智能在药物-药物(DDI)药物-食品(辅料)(DFI)和药物-微生物组(DMI)相互作用中的应用,包括人工智能多重交互的模型评价指标算法和数据库等。

2022-12-268

空转应用篇 | 空间转录组学为肠道的理解增加了新维度

摘要:《美国生理学杂志:胃肠和肝脏生理学》发表了一篇Mini-Review,描述了最近应用于肠道的空间转录组学技术以及其新发现。

2022-12-227

超详细 | 生物医学研究和临床应用中scRNA-seq的数据分析指南

摘要:回顾了典型scRNA-seq数据分析的工作流程,总结每个分析步骤的当前方法,并针对某些特定的分析任务和方法指出了建议和注意事项。

2022-12-198

NC | Bulk2Space:以空间单细胞分辨率对RNA-seq数据进行从头分析

摘要:《Nature Communications》发表了一种基于深度学习框架的空间去卷积算法:Bulk2Space,首次实现将Bulk转录组重构至单细胞空间分辨率。

2022-12-12223

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