《柳叶刀》子刊:研究表明后口咽唾液样本可检测新冠病毒,发病首周唾液病毒载量最高| COVID-19一周精选【3.21-3.27】

2020-05-12 705文献解读

VirusDIP

截至3月27日12时,CNGBdb病毒数据库(VirusDIP):

总数据量:GISAID EpiCoV™ 1871条,CNGBdb新冠病毒数据库204 条;
 上周新增(3.21~3.27):GISAID EpiCoV™ 906条,CNGBdb新冠病毒数据库10条;
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标题:SARS-CoV-2感染后口咽(深喉)唾液病毒载量和血清抗体反应的时间分布:一项观察性队列研究
期刊:The Lancet Infectious Diseases
DOI:https://doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30196-1
摘要: 背景:2019冠状病毒病(COVID-19)导致严重的社区和医院疫情。目前还没有关于SARS-CoV-2患者的系列呼吸道病毒载量和血清抗体反应的综合数据。鼻咽拭子和咽喉拭子通常用于呼吸道感染的连续病毒载量监测,但收集这些样本会给患者带来不适,并将卫生保健工作者置于危险之中。我们的目的是确定后口咽(深喉)唾液样本中SARS-CoV-2的连续呼吸道病毒载量和血清抗体反应。
方法:我们在香港的两家医院做了一项队列研究。我们纳入了确诊的COVID-19患者,并获得了血液、尿液、后口咽唾液和直肠拭子的样本。通过RT-qPCR检测病毒载量。使用EIA检测SARS-CoV-2内核蛋白(NP)和表面S蛋白受体结合域(RBD)的抗体水平。进行了全基因组测序,以确定感染期间可能发生的突变。
结果:在2020年1月22日至2020年2月12日期间, 23例患者纳入研究(中位年龄62岁[范围37-75])。后口咽唾液或其他呼吸道标本中病毒载量中位数为5.2 log10拷贝/mL(四分位距 4.1-7.0)。唾液病毒载量在症状出现后第一周最高,随后随时间下降。1例患者在症状出现25天后检测到病毒RNA。年龄增加与病毒载量升高相关。16例患者在出现症状后14天或更长时间获得血清样本,抗NP IgG的血清阳性率为94% (n=15),88%抗NP IgM (n=14),100%抗RBD IgG (n=16),94%抗RBD IgM (n=15)。抗SARS-CoV-2 NP或抗SARS-CoV-2 RBD IgG水平与病毒中和效价相关。序列样本未检测到基因组突变。
结论:后口咽唾液样本是非侵入性样本,患者和卫生保健工作者更容易接受。与严重急性呼吸系统综合征不同,COVID-19患者在发病时的病毒载量最高,这可以解释该流行病的快速传播特性。这一发现强调了严格控制感染和早期对高危个体单独或联合使用有效抗病毒药物的重要性。血清学检测可作为RT-qPCR诊断的补充。

标题:鉴定马来亚穿山甲中与SARS-CoV-2相关的冠状病毒
期刊:Nature
DOI:https://doi.org/10.1038/s41586-020-2169-0
摘要:目前在中国和其他地区爆发的病毒性肺炎与一种新型冠状病毒SARS-CoV-2有关。尽管蝙蝠可能是SARS-CoV-2的自然宿主,但任何中间宿主的身份都是未知的。在这里,我们报告了在中国南部缉私行动中查获的马来亚穿山甲(Manis javanica)中发现的与SARS-CoV-2相关的冠状病毒。宏基因组测序鉴定了与穿山甲相关的冠状病毒,它们属于SARS-CoV-2相关冠状病毒的两个亚系,其中一个在受体结合域与SARS-CoV-2表现出很强的相似性。穿山甲冠状病毒的多个谱系的发现及其与SARS-CoV-2的相似性表明,应考虑穿山甲是新冠病毒的可能宿主,并严令禁止野生动物市场交易穿山甲,以防止人畜共患传播。

标题:患有COVID-19母亲所生婴儿体内的抗体
期刊:JAMA
DOI:10.1001/jama.2020.4861
主要内容:2020年2月开始对SARS-CoV-2的IgG和IgM抗体进行检测。2020年3月4日,中华人民共和国国家卫生健康委员会发布《2019年新冠状病毒肺炎预防控制方案(COVID-19)第七版》,新增血清学诊断标准。之前一项针对9名孕妇及其婴儿的研究发现,基于RT-PCR检测的SARS-CoV-2母婴传播没有发生。我们将这些新标准应用于6名已确诊的COVID-19孕妇和她们的婴儿,因为血清学标准可以对新生儿的感染进行更详细的调查。

预印本

预印本网站:medRxiv
标题:Meplazumab治疗COVID-19:一项开放标记、同时对照的附加临床试验
主要结论:Meplazumab有效地改善了SARS-CoV-2肺炎患者的康复,具有良好的安全性。我们的结果支持开展meplazumab治疗COVID-19肺炎的大规模研究。
DOI: https://doi.org/10.1101/2020.03.21.20040691

预印本网站:bioRxiv
标题:SARS-CoV-2人蛋白-蛋白相互作用图谱揭示了药物作用靶点和潜在的药物再利用
主要结论:我们确定了67种可用药的人类蛋白或宿主因子,这些蛋白或宿主因子由69种现有FDA批准的药物、临床试验药物和/或临床前靶向化合物,我们目前正在评估这些药物对SARS-CoV-2感染试验的有效性。宿主依赖因子介导病毒感染的鉴定可能为开发广泛有效的针对SARS-CoV-2和其他致命冠状病毒株的抗病毒治疗提供重要的分子靶点。 DOI: https://doi.org/10.1101/2020.03.22.002386

预印本网站:medRxiv
标题:SARS-CoV-2感染对男性性腺功能的影响:单中心研究
主要结论:本研究首次提供了COVID-19的医疗条件对男性性激素影响的直接证据,提示在SARS-CoV-2感染后恢复的患者,特别是育龄男性,性腺功能的评估应得到更多的关注。
DOI: https://doi.org/10.1101/2020.03.21.20037267

参考文献:
[1] To K K-W, Tsang O T-Y, Leung W-S, et al. Temporal profiles of viral load in posterior oropharyngeal saliva samples and serum antibody responses during infection by SARS-CoV-2: an observational cohort study [J]. The Lancet Infectious Diseases, 2020.
[2] Lam, T.T., Shum, M.H., Zhu, H. et al. Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins. Nature (2020). https://doi.org/10.1038/s41586-020-2169-0.
[3] https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2763854.
[4] Huijie Bian, et al.Meplazumab treats COVID-19 pneumonia: an open-labelled, concurrent controlled add-on clinical trial.medRxiv. 24 March, 2020.
[5] David E. Gordon, et al.A SARS-CoV-2-Human Protein-Protein Interaction Map Reveals Drug Targets and Potential Drug-Repurposing. bioRxiv.23 March, 2020.
[6] Ling Ma, et al.Effect of SARS-CoV-2 infection upon male gonadal function: A single center-based study.medRxiv. 24 March, 2020.
*注:中文翻译仅供参考,一切内容以英文原文为准。以上内容仅代表文章作者本人观点,不代表深圳国家基因库生命大数据平台观点或立场。

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