<2020第四期课程回顾>染色质类表观组学生信分析

2020-05-01 143课程

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干货 | \<4月专题第三期课程回顾>RNA甲基化生信分析

2020 CNGBdb系列公益课程开讲啦!
2020年4月29日4月专题 四节课带你玩转表观组学研究 <第4讲>上线
课程名称:染色质类表观组学生信分析

讲师: 韩京华,尼奥基因组学研究院表观团队高级生信分析师。在国际知名期刊发表多篇研究论文,并获得4项软件著作权。

课程概要

  1. 染色质类表观组学技术概述
  2. 染色质类表观组学样本制备
  3. 染色质类表观组学案例简析
  4. 染色质类表观组学生信分析讲解

现场Q&A

  1. Q:ATAC-Seq需要input文库吗?
    A:ATAC与IP类测序方法不同,不需要input文库。

  2. Q:scATAC-seq可分析的内容和ATAC-Seq差不多吗?
    A:scATAC的实验部分一般采用10X Genomics平台,分析方法与常规ATAC-seq也会有不
    同,具体分析方法请参考文献:
    Satpathy AT, Granja JM, Yost KE,et al. Massively parallel single-cell chromatin
    landscapes of human immune cell development and intratumoral T cell exhaustion. Nat Biotechnol. 2019; 37(8):925-936.

  3. Q:小麦方面的ATAC-Seq研究套路是怎样的?
    A:经过检索,我们发现关于小麦ATAC-seq的文章几乎没有,ChIP-seq的文章也很少。鉴于 ATAC-seq分析套路与ChIP-seq接近,您可以参考一下ChIP-seq的分析方法。

  4. Q:数据分析得到的插入片段图有没有出现过和2100结果不太一致的情况?比如2100有多峰 但是插入片段的1核小体峰很低且无多核小体峰的情况?
    A:我们目前没遇到过这种情况。比对情况怎么样?比对时允许的最大插入片段长度是多少? 软件bowtie2默认允许的插入片段长度是500(-X),对于ATAC数据,该参数应设置成更大
    的长度,如-X 2000。另外,是否在过滤BAM文件时过滤掉了有用的比对?

  5. Q:可以简单介绍一下ChIP-qPCR技术吗?第一次接触这个技术不是很清楚它的用途。
    A:ChIP-qPCR是ChIP和qPCR两种技术的结合,能够检测特定转录因子/组蛋白修饰与已知基 因启动子区域的结合,不需要测序,适合已有候选基因的研究。大概流程如下:
    蛋白-DNA甲醛交联 --- 细胞裂解 --- DNA打断 --- 抗体富集特定蛋白-DNA复合物 ---
    DNA纯化 --- qPCR
    参考文献:
    Lacazette E. A laboratory practical illustrating the use of the ChIP-qPCR method in a robust model: Estrogen receptor alpha immunoprecipitation using Mcf-7
    culture cells. Biochem Mol Biol Educ. 2017;45(2):152-160.

  6. Q:ATAC motif和ChIP motif可能会有重叠吗?
    A:如果开放染色质区包含ChIP-seq所要鉴定的转录因子(或其他结合蛋白),那么ATAC
    motif和ChIP motif是可能有重叠的。

  7. Q:ATAC样本量需要多少?
    A:500-50000个细胞,推荐50000个。

  8. Q:细胞冻存后复苏可以做ATAC吗?
    A:可以的。

审核:韩京华
图片来源:千聊直播平台页面

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