<2020第一期课程回顾>表观组学概述

2020-04-10 1181课程

课程回放:

2020 CNGBdb系列公益课程开讲啦!
2020年4月9日4月专题 四节课带你玩转表观组学研究 <第1讲>上线
课程名称:表观组学概述

讲师: 韩京华,尼奥基因组学研究院表观团队高级生信分析师。在国际知名期刊发表多篇研究论文,并获得4项软件著作权。

课程概要

  1. 什么是表观遗传
  2. 表观遗传学的分类
  3. 表观遗传学的应用领域
  4. 表观遗传学的常见分析方法

现场Q&A

  1. Q:这个甲基化在真菌侵染过程中会有什么反应吗?
    A:这里的甲基化是指DNA甲基化吗?关于DNA甲基化在真菌侵染中的作用的报道不多,但仍然是有的。另外,其他表观修饰,如组蛋白修饰可能也与真菌侵染有关系。
    推荐文献:
    Evidence for Mitochondrial Genome Methylation in the Yeast Candida albicans: A Potential Novel Epigenetic Mechanism Affecting Adaptation and Pathogenicity?
    Epigenetic manipulation of filamentous fungi for biotechnological applications: a systematic review.
  2. Q:请问input文库是怎么得到的?
    A:input文库的作用是矫正不同样本的RNA的表达水平,它实际上相当于普通的RNA-seq文库,只不过m6A-seq为了达到更高的分辨率需要把RNA片段打断的更短,其他流程与RNA-seq基本一致。
  3. Q:cfDNA和ctDNA会因为DNA浓度太低影响实验结果吗?这两种样本类型可以用什么方法检测DNA甲基化?
    A:无论是游离DNA还是细胞内DNA,如果浓度极低,也就意味着总DNA的量很少,都会影响到检测结果,包括遗传变异检测和表观修饰检测。
    目前cfDNA甲基化的检测方法已有相关文献发表,包括基于抗体的MeDIP技术(cfMeDIP),也可选择微量全基因组甲基化检测技术等。如果针对特定基因集或其他特定区域进行甲基化检测,可以采用数字PCR的方法。另外,每个实验室也会有自己的方法,目前尼奥基因组学研究院也在开发更有效的方法,已具备一定雏形,如果感兴趣也欢迎与我们进一步合作。 推荐文献:
    Sensitive tumour detection and classification using plasma cell-free DNA methylomes.
  4. Q:M6A是怎么影响mRNA的降解的?有相关参考文献吗?
    A:根据文献报道,胞质内经过m6A修饰的mRNA可以被YTHDF2识别,使其富集Processing body(P-body)从而加速mRNA的降解。
    推荐文献:
    Molecular Mechanisms Driving mRNA Degradation by m6A Modification.
  5. Q:关于微生物的m6A的研究都有哪些研究方向?目前研究的多吗?
    A:目前看来,微生物中关于m6A的研究并不多,主要集中在病毒侵染方面。
    推荐文献:
    Regulation of Viral Infection by the RNA Modifcation N6-methyladenosine .
  6. Q:请问ctDNA的检测,有没有focus到一些特定的基因集?
    A:有的,这也是一种比较新的检测方法。比如在肝癌中,作者通过比较癌症患者和健康对照之间的组织和血液的甲基化图谱,鉴定得到401个重点marker,并利用这些marker建模,最终得到用于诊断的marker和用于预后的marker。
    实际上,癌症相关的甲基化marker不一定是基因集,也可能只是一些区域。
    推荐文献:
    Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma.
    Circulating breast-derived DNA allows universal detection and monitoring of localized breast cancer.

课程PPT:

https://db.cngb.org/dc_assets/media/science/weike20200409.pdf

审核:韩京华
图片来源:千聊直播平台页面

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