表观基因组研究推荐 | 小鼠组织ATAC-seq数据集

2020-04-09 653文献解读

中国科学院大学华大教育中心、深圳华大生命科学研究院和深圳国家基因库等研究机构的研究人员在《Scientific Data》发表了一个成年小鼠ATAC-seq数据集,为小鼠表观基因组研究提供了重要的资源。

研究背景

ATAC-seq,一种基本的表观基因组学方法,已广泛应用于哺乳动物(如人类和小鼠)染色质可及性的研究。一个全面覆盖哺乳动物不同组织的ATAC参考数据集对于由遗传或者环境改变造成的调控特异性和发育异常机制的理解非常重要。

研究流程

ATAC_1

伦理审查:所有涉及动物的相关程序都得到了机构审查委员会华大基因伦理委员会的批准B(许可证号BGI-R085-1)。
研究对象:8周龄的C57BL / 6J雄性和雌性小鼠,取全器官。本次研究中,使用了20个不同的器官或组织,包括肾上腺、膀胱、大脑(大脑和小脑)、脂肪(腹部脂肪、棕色脂肪和肠系膜脂肪)、心脏、肠(大肠和小肠)、肾、肝、肺、卵巢、胰腺、骨骼肌、脾、胃、胸腺和子宫。
测序策略:ATAC-seq(BGISEQ-500平台)。

研究结果

本次研究产生了66个ATAC-seq图谱,共鉴定了296,574个可及性元件,其中26,916个显示了组织特异性的可及性。

ATAC_2

ATAC-seq read富集、片段大小分布和重复之间的复现证明了数据集的数据完整性和质量高。

ATAC_3

利用皮尔逊相关分析进一步检验生物学和技术复制的可重复性。结果表明本次研究中得到的ATAC-seq产物能够可靠的检测到小鼠基因组中开放染色质区域,并可作为未来研究的基本参考ATAC-seq数据集。

ATAC_4

研究人员鉴定了不同组织的关键转录因子,发现每个转录因子的富集可以很好的反映组织间的发育相似性。

本次研究为小鼠表观基因组的研究提供了重要的资源,在发育、细胞重编程和遗传疾病等方面具有较高的研究价值。

研究数据

本次研究中的测序数据已保存在国家基因库生命大数据平台(CNGBdb),项目编号:CNP0000198

参考文献:Liu C, Wang M, Wei X, et al. An ATAC-seq atlas of chromatin accessibility in mouse tissues[J]. Scientific data, 2019, 6(1): 1-10.
图片来源:均来自参考文献,如有侵权请联系删除。
复核:谈聪

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