Nature子刊:研究表明新冠病毒不是实验室构建产物 | COVID-19一周精选【3.14-3.20】

2020-03-23 163文献解读

VirusDIP

截至3月20日12时,CNGBdb病毒数据库(VirusDIP):

总数据量:GISAID EpiCoVTM 965条,CNGBdb新冠病毒数据库194 条;
CNGBdb自主发布:24条

👉 点击访问VirusDIP

每周一CNGBdb为您精选,COVID-19一周研究速览!

标题:SARS-CoV-2的近端起源
期刊:Nat Med
DOI:https://doi.org/10.1038/s41591-020-0820-9
主要内容:SARS-CoV-2是已知的第七种感染人类的冠状病毒;SARS-CoV、MERS-CoV和SARS-CoV-2可导致严重的疾病,而HKU1、NL63、OC43和229E则与轻度症状相关。本文通过对基因组数据的比较分析,对SARS-CoV-2的起源进行了综述。我们提供了一个关于SARS-CoV-2基因组显著特征的观点,并讨论了它们可能出现的情况。我们的分析清晰地表明,SARS-CoV-2不是实验室构建产物,也不是有意操纵的病毒。

标题:洛匹那韦-利托那韦治疗重症COVID-19的试验
期刊:NEJM
DOI:10.1056/NEJMoa2001282
摘要:
背景:目前尚无任何经证实可有效治疗 SARS-CoV-2 所致重症疾病的方法。
方法:我们在确诊 SARS-CoV-2 感染(患呼吸系统疾病 COVID-19)并且呼吸周围空气时氧饱和度(SaO2)≤ 94% 或者氧分压(PaO2)与吸入氧浓度(FiO2)的比值 < 300 mmHg 的成人住院患者中开展了一项随机、对照、开放标签的试验。我们以 1 : 1 的比例将患者随机分组,分别接受常规治疗联合 14 日的每日两次洛匹那韦-利托那韦(分别为 400 mg 和 100 mg)治疗或者单独常规治疗。主要终点是至临床状况改善的时间,其定义为从随机分组至 7 分等级量表评分改善 2 分或者出院(以先发生的一项为准)的时间。
结果:共计 199 例实验室确诊 SARS-CoV-2 感染的患者被随机分组;99 例被分配至洛匹那韦-利托那韦组,100 例被分配至常规治疗组。在至临床状况改善的时间方面,洛匹那韦-利托那韦治疗与常规治疗无差异(临床改善的风险比,1.24;95% 置信区间[CI],0.90~1.72)。洛匹那韦-利托那韦组和常规治疗组的 28 日死亡率相似(19.2% vs. 25.0%;差异,-5.8 个百分点;95% CI,-17.3~5.7)。两组在各时间点可检出病毒 RNA 的患者百分比相似。在改良意向治疗分析中,与常规治疗相比,洛匹那韦-利托那韦治疗使至临床状况改善的中位时间提前了 1 天(风险比,1.39;95% CI,1.00~1.91)。洛匹那韦-利托那韦组的胃肠道不良事件发生率较高,但常规治疗组的严重不良事件发生率较高。13 例患者(13.8%)因不良事件提前停止洛匹那韦-利托那韦治疗。
结论:在重症 COVID-19 成人住院患者中,与常规治疗相比,我们未观察到洛匹那韦-利托那韦治疗有益。未来对重症患者开展的试验可能有助于确认或排除该方案产生益处的可能性。

标题:SARS-CoV-2主要蛋白酶的晶体结构为改善α-酮酰胺抑制剂的设计提供了依据
期刊:Science
DOI:10.1126/science.abb3405
摘要:SARS-CoV-2造成的COVID-19大流行是全球卫生紧急情况。在冠状病毒中,主要的蛋白酶(Mpro, 3CLpro)是一个有吸引力的药物靶点,因为它在处理从病毒RNA翻译而来的多蛋白方面起着重要作用。我们报告了非配体的SARS-CoV-2Mpro及其α-酮酰胺抑制剂复合物的X射线结构。这是从以前设计的抑制剂,但与P3-P2酰胺键结合到一个吡啶酮环,以提高化合物在等离子体中的半衰期。基于该结构,我们开发了一种潜在SARS-CoV-2 Mpro抑制剂的先导化合物。抑制剂的药代动力学特征显示出明显的肺向性,适合通过吸入途径给药。

标题:患者恢复前伴随免疫反应的广度:1例非重症COVID-19病例报告
期刊:Nat Med
DOI:https://doi.org/10.1038/s41591-020-0819-2
主要结论:总的来说,我们的研究为理解非重症COVID-19病例中免疫反应的广度和动力学提供了新的贡献。该患者未出现呼吸衰竭或急性呼吸窘迫综合征的并发症,不需要补充氧合,住院一周内出院。在其症状恢复前血液中检测到增加的抗体分泌细胞(ASCs)、滤泡辅助T细胞(TFH细胞)、活化的CD4+ T细胞和CD8+ T细胞、以及与冠状病毒SARS-CoV-2结合的免疫球蛋白M IgM和IgG抗体,这些免疫变化在症状完全消失后至少持续7天。我们建议在具有不同疾病严重程度的COVID-19人群中确定这些免疫参数的特征,以确定它们是否可以用于预测疾病结果,并评估可能最小化严重程度的新干预措施和告知保护性候选疫苗。此外,我们的研究表明,与H7N9禽流感类似,SARS-CoV-2病毒可以产生强大的多因子免疫反应,早期的适应性免疫反应可能与更好的临床结果相关。

标题:大量未记录在案的感染促进了新型冠状病毒(SARS-CoV2)的迅速传播
期刊:Science
DOI:10.1126/science.abb3221
摘要:对未记录的SARS-CoV-2感染的流行和传染性估计对于了解该疾病的总体流行情况和流行潜力至关重要。在这里,我们使用中国境内报告感染的观察结果,流动性数据,网络化的动态人口模型和贝叶斯推断,来评估与SARS-CoV2相关的关键流行病学特征,包括未登记感染的比例及其传染性。我们估计,在2020年1月23日旅行限制之前,所有感染中有86%是无记录的(95% CI:[82%-90%])。按人均计算,无记录感染的传播率为有记录感染的55%([46%-62%]),但由于无记录感染的人数较多,这些未被无记录的隐形感染患者,成为了79%记录在案感染病例的病毒来源。这些发现解释了SARS-CoV2在地理上的迅速传播,并表明遏制这种病毒将特别具有挑战性。

标题:儿童SARS-CoV-2感染
期刊:NEJM
DOI:10.1056/NEJMc2005073
主要内容:从2020年1月28日到2月26日,1391名儿童接受了评估和测试,其中171人(12.3%)被证实感染了SARS-CoV-2。受感染儿童的中位年龄为6.7岁。在患病期间,有41.5%的儿童出现发热。其他常见的体征和症状包括咳嗽和咽部红斑。共有27名患者(15.8%)没有任何感染症状或肺炎的放射学特征。共有12名患者有肺炎的放射学特征,但没有任何感染症状。3例患者住院期间需要重症监护支持和有创机械通气且均同时存在(肾积水、白血病(患者正在接受维持化疗)和肠套叠)。6例(3.5%)出现淋巴细胞减少(淋巴细胞计数<1.2×109/L)。最常见的放射学表现为双侧毛玻璃样阴影(32.7%)。截至2020年3月8日,已有一人死亡。一名10个月大的肠套叠患儿因多器官功能衰竭于入院后4周死亡。共有21名病人在普通病房病情稳定,其中149人已出院。本报告描述了儿童中由SARS-CoV-2感染引起的一系列疾病。与受感染的成年人相比,大多数受感染儿童的临床病程较为温和。无症状感染并不少见。确定这些无症状患者的传播潜力对制定控制正在发生的大流行的措施具有重要的指导意义。

预印本

预印本网站:medRxiv
标题:ABO血型与COVID-19易感性的关系
主要结论:该研究发现与非A血型相比,具有A型血型的人获得COVID-19的风险显著较高,而具有O型血的人则具有较低的感染风险。
DOI: https://doi.org/10.1101/2020.03.11.20031096

预印本网站:medRxiv
标题:温度和湿度对COVID-19死亡率的影响
主要结论:COVID-19死亡率与昼夜温差呈正相关,而与相对湿度呈负相关。这项研究表明温度变化和湿度可能是影响COVID-19死亡率的重要因素。
DOI: https://doi.org/10.1101/2020.03.15.20036426

预印本网站:bioRxiv
标题:感染SARS-CoV-2的恒河猴不能发生再感染
主要结论:这项研究结果表明,最初的SARS-CoV-2感染可以保护后续的暴露,这对疾病的预后有参考价值,并对疫苗设计有重要意义。
DOI:  https://doi.org/10.1101/2020.03.13.990226

参考文献:
[1] Andersen, K.G., Rambaut, A., Lipkin, W.I. et al. The proximal origin of SARS-CoV-2. Nat Med (2020).
[2] Cao et al., (2020). A Trial of Lopinavir–Ritonavir in Adults Hospitalized with Severe Covid-19. NEJM, DOI: 10.1056/NEJMoa2001282.
[3] https://science.sciencemag.org/content/early/2020/03/19/science.abb3405?rss=1
[4] Thevarajan I, Nguyen T H O, Koutsakos M, et al. Breadth of concomitant immune responses prior to patient recovery: a case report of non-severe COVID-19[J]. Nature Medicine, 2020: 1-3.
[5] Li R, Pei S, Chen B, et al. Substantial undocumented infection facilitates the rapid dissemination of novel coronavirus (SARS-CoV2)[J]. Science, 2020.
[6] https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2005073.
[7] Jiao Zhao, et al.Relationship between the ABO Blood Group and the COVID-19 Susceptibility.medRxiv. 16 March, 2020.
[8] Yueling Ma, et al.Effects of temperature variation and humidity on the mortality of COVID-19 in Wuhan. MedRxiv.18 March, 2020.
[9] Linlin Bao,, et al.Reinfection could not occur in SARS-CoV-2 infected rhesus macaques.bioRxiv.14 March, 2020.
部分信息来源于生物谷网站," NEJM医学前沿",“ 生物探索”,“ iNature”公众号,图片均来自期刊官网,如有侵权请联系删除。
*注:中文翻译仅供参考,一切内容以英文原文为准。以上内容仅代表文章作者本人观点,不代表深圳国家基因库生命大数据平台观点或立场。

上一篇下一篇