两大CRISPR-Cas9数据集通过一致性分析,为癌症研究提供最大的遗传筛选资源

2019-12-25 868文献解读

“基因魔剪”CRISPR/Cas9自2013年被《科学》列为年度十大科技进展之一后,凭借自身优势(切割效率高、同时靶向多靶点、识别不受甲基化影响等),始终保持高速发展并在多领域延伸应用,比如癌症研究。

Cancer DepMap计划

癌症依赖性图谱计划(Cancer Dependency Map,简称Cancer DepMap),旨在为患者创建一个精确的癌症治疗详细规则手册。Cancer DepMap的两个关键元素是对癌细胞生存至关重要基因的定位和对结果数据集的分析。

CRISPR-Cas9数据集

尽管目前癌症研究取得了进展,但癌症精准医疗的广泛应用仍需要许多新的药物靶点。为了寻找新的药物靶点,Cancer DepMap计划的研究人员通过从病人身上获取的肿瘤细胞,在实验室中培育细胞株。然后使用CRISPR-Cas9技术来编辑这些癌细胞中的基因,通过一个一个地关闭它们,以衡量它们对癌细胞存活的重要性。这些实验的结果表明哪些基因最有可能成为可行的药物靶点。

两大CRISPR-Cas9数据集通过一致性分析

本月,威康·桑格研究所、麻省理工学院布罗德研究所和哈佛大学的科学家们对25种不同癌症类型的725个癌症模型中两个最大的CRISPR-Cas9数据集进行了一致性分析,结果表明:尽管在实验试剂和方法上存在差异,但两个数据集筛选结果在多个指标上高度一致。此项研究已发表在《Nature Communications》上。

CRISPR-Cas9数据集

迄今为止最大的癌症细胞系遗传筛查资源

上述研究结果意味着两个数据集可以整合在一起,形成迄今为止最大的癌症细胞系遗传筛查资源,为大约1000个癌症模型的癌症依赖性图谱提供基础,有助于加快发现和开发新的癌症药物。

From 威康·桑格研究所 研究团队:这项研究很重要,因为它证明了实验方法的有效性和实验数据的一致性。这也意味着两个大型癌症依赖性数据集是兼容的。通过把它们结合起来,我们将获得更大的统计能力,缩小癌症治疗的目标范围。

听课君提醒:CRISPR/Cas9技术还可以应用于肿瘤免疫治疗的研究

CRISPR/Cas9基因编辑系统在肿瘤免疫治疗中的应用

引用
Wellcome Trust Sanger Institute. "CRISPR-Cas9 datasets analysis leads to largest genetic screen resource for cancer research: Study will help narrow down the list of targets for the next generation of cancer treatments." ScienceDaily. ScienceDaily, 20 December 2019. .
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