除了做实验和看文献,听说隔壁实验室师兄还在用这个国产数据库 | 癌症研究数据库推荐

2021-11-04 186文献解读

今天小编挖到的这个数据库来自科研热门领域:癌症转移。癌症研究的小伙伴如果要找选题做开题报告、写国自然没思路、不想看文献...都可以试试LncR2metasta:一个人工整理的、实验支持的癌症转移相关lncRNA数据库,利用这个数据库可以轻松了解lncRNA和癌症转移之间的关联,快速开拓下游研究思路。

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LncR2metasta是武汉科技大学邓文生教授课题组的成果。在当前版本中,LncR2metasta记录了54个人类癌症亚型中304个lncRNAs和39个癌症转移事件(缩写为CME,例如癌细胞侵袭、内渗、外渗、增殖等)之间的1238个关联。

LncR2metasta有哪些功能?

LncR2metasta提供了一个简洁的web界面,使研究人员能够浏览、搜索和下载以及在数据库中提交新的lncRNA-CME关联。

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浏览

在浏览页面,可以根据lncRNA和CME类别查看LncR2metasta数据,点击特定的lncRNA或CME后,将显示匹配条目列表。

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搜索

在搜索页面,允许用户使用lncRNA symbol、ID (Entrez ID、Ensembl ID)或位置查询数据。使用选定的CME,用户可以有针对性地高效搜索相关的lncRNAs。LncR2metasta还提供模糊搜索功能,便于在搜索时返回最接近的匹配条目。

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下载

在下载页面,lncRNA-CME关联可以以定制的方式全部或部分下载。

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提交

此外,开发团队还部署了一个提交页面,允许研究人员提交LncR2metasta中没有记录的新lncRNA-CME关联。提交记录一旦被审查委员会批准将被纳入LncR2metasta。

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LncR2metasta将成为研究人员了解lncRNA在癌症转移中功能的一个有利平台。与现有数据库中粗略的lncRNA-转移关联相比,LncR2metasta为特定lncRNA在各种CME中的作用提供了多种实验证据。

LncR2metasta访问地址:http://lncR2metasta.wchoda.com

参考文献
Shihua Zhang, Xiaolong He, Rui Zhang, Wensheng Deng,  LncR2metasta: a manually curated database for experimentally supported lncRNAs during various cancer metastatic events, Briefings in Bioinformatics, Volume 22, Issue 3, May 2021, bbaa178, https://doi.org/10.1093/bib/bbaa178
图片来源于LncR2metasta和参考文献,如有侵权请联系删除。

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