<CNGBdb×丁香园直播回顾>「不想去实验室」的冬天,在暖暖的被窝里做个数据分析吧!

2020-12-04 843课程

本期课程回放:

https://dxy.me/7EJ564

CNGBdb携手丁香园直播“带货”#

11月24日 
生命大数据可信计算专题!

主题:生物大数据计算发展趋势和计算资源介绍 讲师:丁远彤博士,国家基因库大数据专家。

直播概要

  1. 生命科学大数据发展现状
  2. 生命科学大数据可用计算资源
  3. 国家基因库CODEPLOT
  4. CODEPLOT 单细胞分析演示

现场Q&A

  1. Q:这个CODEPLOT是免费的使用的吗?
    A:是的。

  2. Q:老师,我刚接触这一块,我是真的一点也不会,纯小白,使用这个codeplot平台,技术上会不会有什么障碍啊?
    A:CODEPLOT平台比较灵活,无论相关基础如何都可以使用,没有编程和分析基础的用户也可以通过简单的鼠标点击操作完成分析,新用户可以跟着平台的“新手引导”试着完成一次计算,平台也提供了详细的文档指导;有一定基础的朋友可以探索一下分析流程强大的自定义和批量任务投递功能。

  3. Q:我是一名研二的学生,这个平台是可以免费使用吗?我没有编程基础,可以顺利使用吗? A:平台目前免费使用,对于平台现在提供的分析流程,只需要鼠标点击进行简单设置就可以使用,之后的平台升级中我们会提供更丰富的分析流程并开放自定义流程功能。

  4. Q:docker听起来挺好用的,我自己的电脑可以用吗?我们学校的服务器上可以装吗?
    A:一般在个人电脑上都可以安装使用,在学校服务器需要确认是否有相关安装权限,另外如果是HPC这类高性能集群需要找管理员确认是否支持基于docker的任务递交。

  5. Q:不可见但是可共享使用是什么意思?
    A:不可见可共享就是说数据原文加密后进行共享加密计算,密码学算法保证加密计算结果和明文共享接近但不泄露数据明文。

  6. Q: 我想用单细胞方面其它的分析工具要怎么做?
    A:目前平台也提供了单细胞的其它分步分析工具,明年初CODEPLOT将上线的新版中将支持用户自定义工具和流程的递交,将大大提高分析灵活度。

  7. Q: 所有物种组织的单细胞数据库都有吗?
    A:目前平台主要提供人类、猕猴和小鼠的单细胞数据,其它物种组织的单细胞数据也会逐步增加,用户也可以使用自己的数据分析。

  8. Q: 我们实验室有受控数据,需要跟别人一起计算,但是我们数据不想泄露给对方,可以在CODEPLOT进行分析吗?可以怎么操作?
    A:可以点击“工具集”—“安全多方计算“进行分析,目前支持病毒序列相似度比对功能,之后的更新版本中我们会支持更多功能,并支持用户工作空间的共享和相关权限设置。

  9. Q: 灯塔水母和鱿鱼等海洋生物可以用这个平台来分析研究吗?
    A:可以,只要提供符合分析流程格式的数据均可分析。

  10. Q: 请问这个平台里包含人类消化道肿瘤的单细胞数据吗?
    A:目前平台有人类消化道组织的单细胞数据,没有消化道肿瘤数据。

  11. Q: 可以自己上传数据来计算吗?用于计算的数据,需要遵守什么数据标准吗? 
    A:可以,用户需保证递交和发布数据的合规性,具体规则请查阅平台用户需知https://db.cngb.org/terms/,https://db.cngb.org/policy/

  12. Q: 这个库有入门文档吗?国家基因库除了这个计算工具,还有什么方便的工具是我们学生可以使用的呀?
    A:可以点击平台首页“文档”标签查阅文档,另外国家基因库还提供有BLAST、Galaxy、癌症数据分析、病原数据分析等专有计算工具,点击国家基因库生命大数据平台首页(https://db.cngb.org) “计算”标签栏可以查看详细信息。

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