<2020第六期课程回顾>演化树构建与新冠病毒基因组联合分析平台介绍

2020-05-29 467课程

本期课程回放: *

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2020 CNGBdb系列公益课程开讲啦!
2020年5月28日
<第6讲>上线
课程名称:演化树构建与新冠病毒基因组联合分析平台介绍

讲师: 丁远彤,美国杜克大学生物学博士和计算机硕士,深圳华大生命科学研究院大数据科学家、战略规划主管。

课程概要

  1. 演化树构建:目的/类型和常用工具
  2. 新冠中的演化分析—文献示例
  3. 新冠病毒基因组联合分析平台介绍和实战
  4. 数据安全和隐私保护下的新计算模式

现场Q&A

  1. Q:请教下平台只能计算新冠还是其他的病毒都可以?
    A:理论上是都可以的,其他物种的数据也是可以算的,但是目前平台只针对新冠做了测试,针对其他物种的分析效果如何需要大家根据具体情况做判断。

  2. Q:上传的数据对大小有限制嘛?
    A:上传文件均不超过10M,演化树计算序列总数不超过1000,安全多方计算序列不超过100。

  3. Q:上传的原始数据会在平台存储多久?受什么样的协议保护?使用范围如何?
    A:用户的结果数据会长期保存,原始数据取决于用户选择的保存模式,目前支持以下三种:1. 保存为私有数据:数据将保存在平台上,仅您个人可访问和计算,计算的结果可被公开访问。保存为私有数据集的数据需在多方计算授权同意后可参与多方计算,多方计算的结果可被公开访问。2. 保存为可公开计算数据:数据将保存在平台,您个人可访问下载和计算,其他用户不可下载但可以使用您的数据进行计算。(即您的数据集将出现在单方/多方计算时“额外数据集”选项中,其他用户可以选择与您的数据合并进行计算,但不能下载您的数据文件)3. 不保存:平台将不保存您的数据,您的数据仅用于本次计算,计算的结果可被公开访问。如参与多方计算则您需重新上传数据。其它相关协议可以参考用户须知:https://db.cngb.org/virus/secure_evolution/user_instructions。

  4. Q:后续还会有什么迭代功能?
    A:主要会提供更多安全多方计算类算法,比如全基因组关联研究(GWAS)系列的算法。。

审核:丁远彤
图片来源:千聊直播平台页面

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