只分析公共数据能发几分?这篇5分paper为你示范套路~

2020-05-28 243文献解读

假如不做实验,只做公共数据分析能发几分呢?不妨来学习一下今天分享的这篇5分paper,为你示范套路~这篇文章是来自同济大学和复旦大学的研究人员在《Frontiers in Cell and Developmental Biology》(IF=5.206)发表的最新研究成果。

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研究人员通过利用癌症和肿瘤基因组图谱(TCGA),以19例实体瘤8450例样本的miRNA和lncRNA表达谱为基础,建立泛癌预后分析(PCPA)模型。此外,系统地分析了不同癌症的ncRNA标记之间的共现性和排他性。研究结果揭示了肿瘤相关ncRNAs对典型信号通路的调控模式,有助于多发性实体瘤抗癌药物的发现。

套路一:在热点中挖掘切入点

目前对于实体瘤患者的治疗手段有很多,包括放疗、化疗、手术切除和免疫疗法等,但是由于各种原因患者在治疗后往往面临预后不良的情况,而分析预后特征对于选择合适的治疗方法以及改善患者总生存率(OS)至关重要。

越来越多的证据表明,非编码RNA(ncRNAs)影响癌症的发生、发展和预后,可作为原发性恶性肿瘤的诊断和预后指标。然而,关于ncRNAs标记物评估和比较泛癌患者预后差异的研究很少有报道。

套路二:经典数据资源+清晰的分析思路

研究人员利用TCGA的泛癌项目,通过高通量的ncRNA表达数据和临床信息,在泛癌水平上综合分析预后。

从ncRNAs的角度识别了19例实体瘤预后相关的ncRNA标记物,构建了PCPA模型。

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通过整合miRNAs和lncRNAs的表达,首次建立了19例8450例实体瘤的泛癌预后分析(PCPA)模型。

分析了预后相关ncRNA标记物对致癌途径的调控模式。

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分析了19种癌症中与预后相关的miRNA和lncRNA的共现性和排他性,以揭示它们的分布模式。miRNA倾向于在泛癌水平上调节预后(71%的miRNA标记在多种肿瘤中共享),lncRNA标记的调节反映出的是癌症特异性(96%的lncRNA标记是肿瘤特异性的),上图展示了miRNA和lncRNA的前20个标记。

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为了分析在泛癌水平上与预后相关的ncRNA的调控模式,miRNA标记物被进一步注释到8种致癌途径。结果表明,约86%的miRNA标记可以调控PI3K-Akt信号通路,而Notch信号通路仅为48%。

检测了19例实体瘤的潜在药物靶点。

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为了进一步揭示与预后相关的miRNA标记物的潜在应用价值,构建MOS来检测主要癌症类型中的常见基因,这些基因受预后相关miRNA的调控,可能成为单药治疗或联合治疗的药物靶点。在参与8种致癌途径的126个常见基因中,BCL2、CSNK2A1、EGFR、PDGFRA和VEGFA被认为是多种癌症潜在的药物靶点

本研究的结果可以为(1)不同癌症患者的预后分析,(2)靶向药物设计提供有效信息,对指导临床用药或抗癌药物开发具有一定的参考价值。

套路三:选择适合的投稿杂志

此篇文章选择的《Frontiers in Cell and Developmental Biology》杂志,创刊于2015年,主要收录细胞与分子生物学相关的研究成果,影响因子5.206。

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这个杂志对国人稿件友好(2019年中国发文比例约为13%,2020截至5月3日约占25%),审稿较快(审稿周期3~4个月),影响因子还有望继续升高。

参考文献
Yin J Z, Wang Q, Yan X, et al. Reveal the regulation patterns of prognosis-related miRNAs and lncRNAs across solid tumors in The Cancer Genome Atlas[J]. Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2020, 8: 368.
图片来源于参考文献和Frontiers in Cell and Developmental Biology官网,部分信息来源于“百味科研芝士”公众号,如有侵权请联系删除。

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