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数据集 | 银杏不是杏

2019-06-03 327裸子植物银杏基因组

银杏作为优秀的行道树,它拥有药用价值的果实—白果,还是拍照的专属打卡背景...除了这些它还有其他身份...

中国特产

银杏起源于3.45亿年前的石炭纪,1.9亿年前的侏罗纪广泛分布于北半球,白垩纪晚期开始衰退,50万年前,其他地区的银杏均已灭绝,只有中国的保存下来。

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孤儿仔

银杏在裸子植物中是“一纲、一目、一科、一属、一种”,它独立撑起了整个银杏纲,是著名的孑遗植物。 数据集 | 银杏不是杏_2

长寿树

银杏的平均寿命在3000年以上,且都能正常开花结果,生命力十分顽强。 数据集 | 银杏不是杏_3

为了能够在遗传学和分子层面研究银杏独特的生物学特征,植物学家们一直希望对银杏进行测序。然而,由于银杏基因组太大且存在大量重复序列,对测序和组装都造成了一定困难。

2016年由华大基因、浙江大学和中国科学院的科学家团队从头组装并分析了银杏基因组(>10G),并将此项研究成果发表在了GigaScience上。

破译银杏基因组信息可以在植物防御昆虫、病原体的研究、树木进化和生命进化的早期事件研究等方面提供广泛的研究资源。

国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)整理了银杏研究的数据集,包含银杏基因组研究、重测序研究、银杏基因组染色体构象捕获研究等。该数据资源有助于对植物大型基因组进一步的遗传和进化研究。

参考文献:Guan R , Zhao Y , Zhang H , et al. Draft genome of the living fossil Ginkgo biloba[J]. GigaScience, 2016, 5(1):49.

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