细菌会给基因研究带来问题

2020-11-17 76支原体

细菌会给基因研究带来问题,细菌中常见的一种令人费解的DNA修饰,在人类或其他哺乳动物中并不存在。瑞典林雪平大学的科学家在《科学进展》上发表的一项新研究表明了这一点。该研究表明,在动物身上检测到表观遗传标记6mdA可能是由于使用的技术的局限性和细菌污染样本的结果。

表观遗传研究成为热点

几年前,一些研究的发表引起了遗传学研究者的极大兴趣。这些研究曾考察了一种特殊的表观遗传标记,或DNA的修饰,它影响了DNA序列在不同细胞中的使用方式。这种标记以前在多细胞生物中没有被观察到。相反,这种被称为 "6mdA "的标记在细菌中很常见,它在保护细菌免受病毒侵害方面发挥着重要作用。许多研究小组的报告称,他们在各种动物物种中,甚至在人体细胞中发现了6mdA,这不仅激发了研究界的重大兴趣,而且还引发了一些问题。其中一个问题涉及到检测到的6mdA的水平,它是如此之低,以至于科学家们怀疑这样一个罕见的表观遗传信号是否真的有功能。在这些最初的报道之后,其他一些已发表的研究都无法在动物身上检测到6mdA。

令人费解的表观遗传信号

就像许多其他研究小组一样,林雪平大学的Colm Nestor小组也开始研究这种令人费解的表观遗传信号。然而,他们无法在人类或小鼠细胞中检测到它。最终,他们在两个人类细胞样本中检测到了6mdA,但结果发现这两个样本都被支原体细菌污染了。研究人员怀疑,表观遗传标记来自细菌,而不是人体细胞。他们用抗支原体的抗生素处理细胞,看到6mdA信号消失。

李大的研究人员认为,在表观遗传学研究中,支原体细菌的污染是一个被低估的问题。他们发现的特殊支原体菌株在健康人中很常见,通常不会对健康造成任何负面影响。由于支原体细菌不仅可以存在于细胞外,也可以存在于人体内的细胞内,因此这种细菌可能存在于人类样本中,但未被检测到。对于大多数类型的细菌,研究人员可以很容易地检测出实验室中培养的细胞是否受到污染。然而,对于支原体污染却不是这样,它需要进行特殊的检测。

细菌会给基因研究带来问题

LiU的研究人员很快发现,不仅仅是支原体细菌给研究6mdA标记的研究人员带来了问题。他们还发现了用于检测这种表观遗传修饰的几种方法的问题。

细菌会给基因研究带来问题,"我们意识到,这些技术检测到的6mdA'信号'只是噪音。然而,由于一些复杂的技术问题,几种方法中的背景噪声并不是随机的,而是看起来是一个真实的信号。林雪平大学生物医学和临床科学系研究员、该研究的负责人Colm Nestor说:"现在我们可以毫无疑问地说,6mdA不存在于哺乳动物中。

Colm Nestor认为,关于哺乳动物中6mdA的报告来自于发表在著名科学期刊上的执行良好的研究。由于完全不同的假象,几种方法给出了类似的误导性结果,这是极不寻常的。

"当我们分析非常罕见的现象时,我们必须非常谨慎,并考虑我们是否真的可以使用我们选择的方法来测量它们。关于6mdA,如果研究人员停止研究根本不存在的东西,就可以节省很多时间和金钱,避免很多失望。"Colm Nestor说。

引用

Linköping University. "Bacteria cause problems for genetic research." ScienceDaily. ScienceDaily, 18 March 2020. www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200318143718.htm.

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