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首个食蟹猴肠细菌的基因目录建立

2019-03-05 1214细菌肠道微生物

食蟹猴(Macaca fascicularis) 作为非人灵长类动物,在亲缘关系上与人类最为接近,与人类的遗传物质具有高度的同源性,同源性达 75% ~98.5%。所以,食蟹猴(Macaca fascicularis)是常用的医学研究动物模型。

食蟹猴肠道微生物群的特征及其与人类和其他哺乳动物的相似性仍然未知,并且对食蟹猴的肠道微生物群功能性了解也仍有限。因此关于这种猴的肠菌的功能研究急需开展,以挖掘这种模式生物的生物医学研究潜力。该研究选择20只食蟹猴的粪便样品用于宏基因组测序,以构建首个食蟹猴肠细菌的基因目录,并与人、猪、鼠等哺乳动物的肠菌进行比较分析。

研究详情

(1)食蟹猴肠菌特征:共鉴定出190万非冗余肠道细菌基因。拟杆菌门和厚壁菌门为主,主要菌属为普氏菌、瘤胃球菌、梭菌、真细菌和拟杆菌;

(2)食蟹猴肠菌与人、猪、鼠肠菌比较分析:同猪和小鼠相比,食蟹猴的肠道微菌群与人最接近(共享约40%的肠道细菌基因),鉴定出32个菌属为四者中均存在的核心菌属,四者的菌群功能高度相似,核心菌属在四类哺乳动物中丰度各不相同。从各哺乳动物丰度top20的菌属中选出10个核心菌属,该核心菌属可构建哺乳动物核心菌属集的基础。

(3)食蟹猴肠菌与饮食关联分析:该研究进行饮食(高脂肪低纤维/低脂肪高纤维)不同的两组猴的肠菌研究,研究结果表明饮食影响食蟹猴的肠道菌群和噬菌体,高脂/低纤维饮食的食蟹猴菌群与人的更相似。

综上所述,食蟹猴肠细菌的基因目录将是肠菌基因分类和功能特征研究宝贵的参考资源。

引用

  1. Xiaoping L, Suisha L , Zhongkui X , et al. Establishment of a Macaca fascicularis gut microbiome gene catalog and comparison with the human, pig and mouse gut microbiomes[J]. GigaScience, 2018.

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