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食管小细胞癌的基因组研究

2019-03-10 621癌症基因组

食管小细胞癌(SCCE)是肺外最常见的小细胞癌,占所有食管癌的1% - 2.8%。大多数SCCE患者在确诊后2年内死亡,中位生存期仅为8 - 13个月。目前的scce的治疗还没有针对性的疗法,只能使用小细胞肺癌(sclc)的治疗方法和化疗,但治疗效果差强人意。目前迫切需要更有效和精确的SCCE治疗策略,但缺乏关于SCCE的分子水平的研究数据。

研究方法

在这项研究中,研究人员为了了解这种致命疾病的遗传基础,并为其治疗开发新的诊断和治疗工具,对55例SCCE患者进行了全外显子组测序(whole-exome sequencing, WES)。提供样品的患者多半(76.4%)为男性,肿瘤的主要位置为食管中段胸段(72.7%),52.7%的肿瘤为III期和IV期,76.4%的患者在末次随访时死亡。

研究结果

(1)通过大规模的全外显子组测序,研究人员共鉴定出4990个体细胞突变,包括3446个非沉默突变、1335个沉默突变、1个停止缺失突变和208个短插入和短删除突变(inels)。突变率要高于所有成人肿瘤的平均水平(平均2.85/Mb)。女性的突变率要高于男性。

(2)研究人员发现SCCE的突变谱以C>T/G>A突变为主,还识别出SCCE中的三个与癌症(cosmos)体细胞突变目录数据库中的Sanger 特征相匹配的突变特征。

(3)这次研究项目发现了三种显著突变的基因,PDE3A,PTPRM和CBLN2,以前没有研究表明涉及食管癌。以及其他已知基因的突变,如TP53,RB1,NOTCH1,FAT1和那些与染色质重塑过程有关的。研究项目还根据WES数据确定了体细胞拷贝数改变(somatic copy number change, SCNAs),并使用OncoScan CNV FFPE分析了24份WES标本。观察到SCCE中的体细胞基因组改变与SCLC中的相似,例如P53和RB1的缺失以及NOTCH家族中的突变。

但在就其突变谱和体细胞CNV谱比较中,SCCE比SCLC更接近ESCC和HNSCC,表明源自食道细胞的小细胞癌具有与源自肺细胞的小细胞癌不同的生物学背景。

(4)研究人员通过搜索扩增的癌症相关基因在DGIdb2.0中可能的治疗抑制剂,发现了13种基因是潜在的临床可行治疗靶点,包括基因如PIK3CA,CCNE1,MYC和ABL2,项目中所有患者的样品100%具有这些基因的扩增。

研究意义

研究人员表示这次研究结果首次提供了SCCE的全面基因组谱,揭示了SCCE的关键基因组改变,并提供了更好地了解SCCE发病机制的见解,可以为患有这种疾病的患者制定了更好的治疗策略。

那么问题来了:研究发现了scce中三种新的显著突变基因(PDE3A,PTPRM和CBLN2),但这三种基因在癌症中的功能到底是什么呢?

引用

  1. F. Wang et al.The genomic landscape of small cell carcinoma of the esophagus. Cell Research (2018) 0:1–4

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