不做WB或免疫组化,也能轻松完成蛋白验证 | 蛋白组数据库推荐

2020-10-21 80其它数据库

分子实验的常规检测内容除了基因就是蛋白啦,ELISA、WB、免疫组化...理论知识很扎实,可是实验结果却很扎心,比如WB,条带总是那么不正常,要么没有,要么弥散,要么非特异。有没有不用做实验就可以完成蛋白验证的方法?

有,人类蛋白图谱(HPA)数据库用起来。

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HPA是人类组织和细胞中蛋白质空间分布最大、最全面的数据库。其利用转录组学和蛋白质组学技术,从RNA和蛋白水平研究人类不同组织和器官中的蛋白表达情况,包括超过1000万张显示单个细胞水平上蛋白表达模式的图像。

如何使用HPA?

HPA为用户提供搜索、浏览及下载功能。

搜索功能

用户可使用简单搜索或高级搜索在首页搜索框中输入关键词,例如基因名、基因描述、外部基因/蛋白质标识符(UniProt,Ensembl,NCBI Entrez基因)、抗体标识符和图像标注等,得到目标基因/蛋白在组织、器官、细胞中的表达情况。

以CD36为例,看看能搜到哪些结果?

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搜索结果展示

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浏览功能

用户可直接点击进入TISSUE ALTAS、CELL ALTAS、PATHOLOGY ALTAS、BRAIN ALTAS、BLOOD ALTAS和METABLIC ATLAS浏览单个组织或细胞器的蛋白质组信息。

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下载功能:搜索页面上列出的与当前搜索结果对应的基因数据可以不同格式下载,包括XML、RDF和TAB。HPA还提供多种可下载文件,其中包括来自组织、病理学和细胞图谱的完整原始蛋白质数据,以及组织和细胞中RNA的表达数据。所有可下载的文件均通过如下链接获取:www.proteinatlas.org/about/download。

HPA访问地址:https://www.proteinatlas.org/

参考文献
Thul PJ, Lindskog C. The human protein atlas: A spatial map of the human proteome. Protein Sci. 2018 Jan;27(1):233-244. doi: 10.1002/pro.3307. Epub 2017 Oct 10. PMID: 28940711; PMCID: PMC5734309.
图片来源于HPA官网和参考文献,如有侵权请联系删除。

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