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2020-09-18 74其它数据库

研究开始前搜集、整理已有研究文献是常规操作,这个步骤往往需要耗费大量时间和精力。小编今天介绍的这个数据库,可以让你不看文献,也能轻松查询肠道微生物、疾病、干预治疗之间的关系...

来自哈尔滨医科大学的研究人员开发了gutMDisorder数据库,旨在为肠道菌群与疾病/干预之间的关系提供综合数据资源。其相关研究成果已发表在《Nucleic Acids Research》。

gutMDisorder记录了:人类579种肠道微生物,与123种疾病和77种干预措施之间的2263种关联;小鼠273种肠道微生物,与33种疾病和151种干预措施之间的930种关联。

为什么要构建gutMDisorder?

缺乏记录肠道微生物与疾病/干预关联的数据库

在过去的几年里,越来越多的证据表明,肠道微生物群落组成的改变在慢性疾病的发展中起着至关重要的作用。药物、食品和其他干预措施对疾病的有益影响可以通过微生物介导。虽然已经开发了一些数据库用于存储微生物基因组信息,但是没有一个专门的数据库记录肠道微生物与疾病/干预之间的关联,有关肠道微生物群失调的详细信息和干预措施仍然散见在文献中。

因此,研究团队开发了一个人工管理的数据库gutMDisorder,用于记录从文献中收集的肠道微生物群与疾病或干预措施之间实验验证关联。

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gutMDisorder能做什么?

gutMDisorder提供了一个树状浏览器和一个搜索引擎来查询肠道微生物群与疾病或干预措施之间关联的详细信息。

Browse

树状浏览器分了人和小鼠两个物种大类,每个物种分了肠道微生物群、失调(关联的疾病)、干预三个亚类。

以失调(关联的疾病)为例,选择疾病“哮喘”,哮喘和肠道微生物之间的所有关联都将被检索出来并显示在一个表格中。微生物、疾病、药物和PMID的识别可以链接到NCBI分类数据库、DO、DrugBank和PubMed以获得详细描述,单击每一行的“detail”链接将得到关联的详细信息。

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Search

用户可用过输入微生物、失调(关联的疾病)、干预关键词,通过搜索引擎查询关联信息。

同样以“哮喘”为例,在搜索框中选择“asthma”,数据库中与哮喘相关联的所有信息都将被检索出来并显示在一个表格中。微生物、疾病、药物和PMID的识别可以链接到NCBI分类数据库、DO、DrugBank和PubMed以获得详细描述,单击每一行的“detail”链接将得到关联的详细信息。

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数据下载:用户可以在“Resource”页面下载所有数据。

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数据统计:“Statistics”页面展示了gutMDisorder数据库中的数据统计信息。

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数据递交:用户可以通过“Submit”页面提交数据库中未记录的重要关联的可追踪介绍。一旦评审委员会批准,包含详细信息的关联将包含在更新版本的数据库中。

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gutMDisorder访问地址:http://bio-annotation.cn/gutMDisorder.

参考文献
Cheng L, Qi C, Zhuang H, et al. gutMDisorder: a comprehensive database for dysbiosis of the gut microbiota in disorders and interventions[J]. Nucleic Acids Research, 2020, 48(D1): D554-D560.
图片来源于gutMDisorder和参考文献,如有侵权请联系删除。

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