如何快速查找细菌感染相关的基因? | 临床微生物研究数据库推荐

2020-09-11 277其它数据库

细菌感染在全球范围内呈上升趋势,由此造成的高死亡率和致残率严重影响人类健康。新的抗微生物疗法的发展在很大程度上取决于我们对细菌感染机制的理解。然而,我们对细菌致病机理的许多机制仍知之甚少。

来自西班牙和意大利的研究团队开发了BacFITBase数据库,用于系统鉴定与宿主感染有关的细菌蛋白,为识别靶蛋白和中间复合物、理解感染机制、设计新的抗菌分子等研究提供有价值的数据资源。其相关研究成果已发表在《Nucleic Acids Research》。

BacFITBase包含超过90000个条目,覆盖各种宿主在体内感染条件下单个基因对细菌适应度的贡献信息。数据来自进行转座子诱变的15项不同研究。

为什么要构建BacFITBase?

为细菌感染研究提供有价值的数据资源

细菌蛋白负责重组无数的生化过程,而这些过程对病原体的有效传播至关重要。最近的研究发现体内细菌的丰度与体外研究的数据并不相关。这是发现抗菌靶标的一个主要缺点,因为许多体外假阴性都没有进行进一步测试。因此,了解细菌感染是如何在体内发生的,以及感染宿主需要哪些细菌基因是至关重要的。

BacFITBase是一个手工管理的细菌基因数据库,通过转座子突变测量,整理宿主感染期间的体内相关信息。其包含横跨10个不同组织的15种病原细菌和5个宿主脊椎动物的信息。

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BacFITBase能做什么?

BacFITBase提供搜索、BLAST、浏览和数据下载功能。

Search

用户可以通过首页搜索框或导航栏快速搜索框,通过关键词(gene symbols、gene locus identifiers、NCBI protein identifiers、UniProt protein accessions或基因产物的名称)查找目标基因或蛋白质信息。还可以通过搜索页面的下拉菜单在特定宿主和病原体中搜索相关基因或蛋白信息。

在“搜索结果”页面会显示与关键词(和/或物种匹配)的细菌基因的列表,点击列表中病菌、蛋白、基因、产物等任一条目,即会在新的页面上呈现具体信息。其中,Fitness z-Score < 0,表示特定基因很可能与感染过程相关。

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BLAST

如果目标蛋白质不在BacFITBase数据库中,用户可以使用BLAST序列比对来搜索相似的蛋白质。找到z得分低(P值低)的相似蛋白质,这表明查询的序列很可能与感染有关。

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Browse

Browse页面提供了BacFITBase数据库中所有条目的概述。用户可在顶部下拉菜单中选择目标病原体。该页面的表格按重要性和适应度z值排序,优先列出了在感染过程中具有较高适应度的细菌基因。

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Download

Download页面提供了BacFITBase数据库的全部数据下载信息。

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BacFITBase访问地址:http://www.tartaglialab.com/bacfitbase/.

参考文献
Rendón JM, Lang B, Tartaglia GG, Burgas MT. BacFITBase: a database to assess the relevance of bacterial genes during host infection. Nucleic Acids Res. 2020;48(D1):D511-D516. doi:10.1093/nar/gkz931
图片来源于BacFITBase和参考文献,如有侵权请联系删除。

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