做病毒感染研究,有什么好用的数据库? | 病毒研究数据库推荐

2020-09-07 77其它数据库

病毒与人类基因组的整合经常发生,是人类疾病的关键驱动因素。许多研究报告病毒整合位点(VISs)靠近人类基因组的结构或功能区域。来自中国和美国的研究团队系统地收集并手动整理文献中报告的所有VIS和公共可用的数据资源,构建病毒整合位点数据库:VISDB,为疾病研究、病毒相关病理生理学、病毒生物学、宿主-病原体相互作用、序列基序发现和模式识别、分子进化和适应等提供了实用数据资源。其相关研究成果已发表在《Nucleic Acids Research》。

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VISDB整合靶基因、邻近基因、转录起始位点、染色体脆性位点、CpG岛、病毒序列等基因组信息来注释VISs,当前版本包含了77632个VISs,其中DNA病毒26897个VISs,RNA逆转录病毒50735个VISs),包括5个DNA病毒和4个RNA逆转录病毒。

为什么要构建VISDB?

缺乏全面和已注释VISs的数据库

在过去的二十年里,人们发现了许多VISs。然而,这些VISs没有系统地管理。特别是这些VISs来自不同的病毒和人类参考基因组的不同版本,使得研究人员很难系统地搜索、比较和分析VISs数据。

虽然目前已经有4个数据库Dr.VIS、RID、 HPVbase和HIRIS已经被开发用来解决上述问题。但是,这些资源有一些限制,比如HPVbase和HIRIS仅限于单一病毒、HPV和HIV的信息;RID仅限于三种人类逆转录病毒的信息,而且大多数数据都是基于计算预测的。

因此,需要一个全面、完善和保持更新的VIS数据库来推进生物医学研究。研究团队将文献来源、基因组注释和靶基因信息数据相继整合到VISDB中,当前版本的VISDB不包含任何计算预测的VISs。

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VISDB能做什么?

用户可以通过VISDB数据库网站浏览、搜索、管理、分析、可视化和下载数据。

Browse

所有VISs都可以分别通过病毒名称、疾病名称、CFS、实验分析、染色体、文献、基因、miRNA和病毒-宿主交互作用进行浏览。VISs详细页面由四个部分组成:单一VIS整合事件、近端DNA元件可视化、TCGA基因和miRNA表达可视化和描述。

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还可以通过VISs簇的方式浏览,得到VISs簇的分布情况图。

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Search

基本搜索功能允许用户根据病毒或染色体坐标范围确定VIS的位置,高级搜索为用户提供了根据自定义参数确定VIS相关信息的选项。搜索结果为特定病毒的VISs列表,点击VIS ID进入VISs详细页面。

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可视化

VISs、VIS簇、VISs周围的DNA元件以及与VISs相关的病毒-宿主ncRNA相关的相互作用可以使用研究团队开发的计算机程序和GRC38h.p12参考基因组实现可视化。

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VISDB访问地址:https:/bioinfo.uth.edu/VISDB

参考文献
Tang D, Li B, Xu T, et al. VISDB: a manually curated database of viral integration sites in the human genome. Nucleic Acids Res. 2020;48(D1):D633-D641. doi:10.1093/nar/gkz867
图片来源于VISDB和参考文献,如有侵权请联系删除。.

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