如何在CNGBdb存储代谢组数据? | CNGBdb-Question Time

2020-08-26 163CNGBdb

2020年7月31日,国家基因库序列归档系统(CNSA)新增代谢组学数据的归档功能,包括代谢组学研究的设计、方案、试验、样本等元数据和原始数据文件。

#代谢组数据递交流程:在提交代谢组数据之前,请先创建项目和样本

01代谢组递交入口

在提交入口页点击“代谢”进入提交流程。

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02提交代谢组数据文件

CNSA接收多种格式的数据文件,例如RAW、ZIP、JDX、CDF、WIFF、JCAMP、TXT等。根据数据文件格式要求和数据上传方式上传数据文件。

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03提交代谢组元数据

代谢元数据包括描述信息和试验信息。

3.1 提交描述信息

描述信息是对研究的设计、因素、方案等信息的描述,可通过模板进行提交。

操作指引:下载描述信息模板(Template_Metabolism_Descriptions_MS_NMR.xlsx)→ 填写 → 上传。注意:描述信息必须提交。

系统将依次校验提交文件中的每个表,如果字段校验不通过,请根据弹框提示的校验规则和错误行号进行修改,然后重新上传。

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3.2 提交试验信息

试验信息是对研究代谢物和试验仪器参数等信息的描述。目前CNSA可以提交使用质谱和核磁共振技术的试验信息,提交模板有以下三种:

  • Template_Metabolism_Assay_GC-MS.xlsx用于递交使用气相色谱-质谱(GC_MS)技术的试验信息。
  • Template_Metabolism_Assay_LC-MS.xlsx用于递交使用液相色谱-质谱(LC-MS)技术的试验信息。
  • Template_Metabolism_Assay_NMR.xlsx用于递交使用核磁共振(NMR)技术的试验信息。

操作指引:描述信息上传之后才可以新建试验。点击“增加试验”创建一个试验 → 选择/下载相应试验模板 → 填写 → 上传。

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如果字段校验不通过,请根据弹框提示的校验规则和错误行号进行修改,然后重新上传。注意:需要至少创建并提交一个试验。

04数据文件MD5值校验

元数据校验通过后,系统将对数据文件进行MD5值校验。可在”数据文件状态”模块查看数据文件状态,如果有未通过校验的文件,请点击“查看”并根据弹框中的提示信息做相应处理。

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05个人中心查看递交结果

当数据文件的状态为“校验完成”时,请点击“提交”,系统会自动分配代谢编号(METMXXXXXXX),并在10秒后跳转到“我的提交-代谢”,可在此页面“元数据状态”列查看代谢数据编号或下载元数据文件。

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本期供稿:CNGBdb 郭学芹
Dr.羊&听课君图片原创:CNGBdb 魏晓锋
编辑:尐尐呅

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