单细胞数据库推荐 | 常用的两大单细胞数据库,你用过没?

2020-08-20 181其它数据库

做单细胞研究大家常用的数据库是?

之前小编已经给大家推荐过几个单细胞数据库:PanglaoDBSpatialDBCancerSEA...

这次,一次性推荐两大单细胞经典数据库:scRNASeqDB和SCPortalen。

scRNASeqDB第一个人类单细胞转录组数据库

这个数据库是由美国的研究人员开发的,包含了目前几乎所有可用的人类单细胞转录组数据集(n=38),覆盖200个人类细胞系或细胞类型和13440个样本。

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scRNASeqDB能做什么?

用户可根据基因或细胞类型搜索基因表达的信息,同时scRNASeqDB还提供可查询和可视化工具,包括基因、细胞类型或群体间差异表达基因的注释信息,另外用户还可以通过Dataset View功能浏览数据库的数据信息。

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用基因名称或ID搜索,得到目标基因在各数据集中的表达情况,点击gene view按钮,即可查看基因的一般信息、表达的热图/盒形图及列表、与目标基因最相关的100个基因的功能注释。

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用细胞类型搜索,得到细胞类型相关的数据集列表,点击细胞类型名称进入Cell view,用户可以查看查询的Cell类型中排序的基因以及该特定Cell类型中两个基因之间的关系。

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用户可使用Browse功能通过Dataset View查询数据集的全面描述信息,通过归因和降维聚类的方法用于基于数据集构建细胞簇。同时,显示数据集中两个细胞类型之间差异表达基因的列表以及差异表达基因的GO和KEGG注释。

SCPortalen以人类和小鼠为中心的单细胞数据库

这个数据库是由日本的研究人员开发的,涵盖了人类和小鼠单细胞转录组学全面的元数据和转录组数据以及细胞图像信息。

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SCPortalen能做什么?

通过SCPortalen的web界面,用户可以轻松地搜索、浏览和下载感兴趣的单细胞数据集。

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用户可通过细胞图像数据集和转录组数据集两个模式使用SCPortalen数据库,以转录组数据集模式为例,点击进入转录组数据集页面,可以了解数据集的基本信息,数据保存地址,下载PCA,t-SNE等图片信息,还可以搜索某个基因表达的FPKM值。

以上两大数据库中收录了目前已发表的单细胞数据信息,大家可以下载这些数据自行分析,或利用数据库自带的工具查询验证自己的实验结果。

scRNASeqDB访问地址:https://bioinfo.uth.edu/scrnaseqdb/.

SCPortalen访问地址:http://single-cell.clst.riken.jp/.

参考文献
[1] Cao Y, Zhu J, Jia P, et al. scRNASeqDB: a database for RNA-Seq based gene expression profiles in human single cells[J]. Genes, 2017, 8(12): 368.
[2] Abugessaisa I, Noguchi S, Böttcher M, et al. SCPortalen: human and mouse single-cell centric database[J]. Nucleic acids research, 2018, 46(D1): D781-D787.
图片来源于scRNASeqDB,SCPortalen和参考文献,如有侵权请联系删除。

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