单细胞数据库推荐 | SpatialDB:让空间转录组数据可视化

2020-08-13 3435其它数据库

2019年11月,来自中国科学院生物物理研究所高通量测序中心的研究人员发布第一个单细胞空间转录组数据库及数据在线可视化平台:SpatialDB,为研究组织的空间细胞结构提供了一个资源库,并可能为理解疾病中的细胞微环境带来新的见解。其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。

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SpatialDB系统收录了来自5个物种由8种空间转录组技术产生的数据,建立了空间转录组数据分析处理流程,实现了空间转录组数据的在线可视化,同时提供了空间差异表达基因及其功能富集分析的注释。

为什么要构建SpatialDB?

缺乏空间转录组数据库

空间转录组技术的发展和改进导致了具有位置信息的复杂数据集的快速积累。由于现有方法的巨大差异,缺乏一个数据库来实现空间转录组数据的便捷比较、整合和可视化。

因此,研究团队开发了了SpatialDB,一种手动管理的空间转录组资源,供研究人员有效研究和重复使用已发布的数据。当前版本的SpatialDB包括5个物种(人类、小鼠、果蝇、秀丽隐杆线虫和斑马鱼)的24个空间转录组数据集,这些数据集由8种空间分辨转录组技术生成,包括ST、Slide-seq、LCM-seq、seqFISH、MERFISH、Liver single cell zonation、Geo-seq和Tomo-seq。

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SpatialDB能做什么?

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Browse

浏览相关技术对应的数据集。

Browse页面点击相关技术,即可显示该技术对应的数据集,鼠标放在数据集区域显示数据集相关信息。

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Search

从不同技术的所有数据集中获得目标基因的空间表达信息。

用户可通过首页快速搜索框或导航栏使用物种及基因名称/ID作为条件,对目标基因进行搜索,得到搜索结果列表后点击表格最后一列的Browse即可浏览数据集详情及所选样本中目标基因的空间表达谱。

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Dataset

浏览数据集中的空间差异表达基因及目标基因的空间表达信息。

在Dataset页面,用户用过技术筛选,得到技术相关的数据集列表,点击表格最后一列的detail,即可查看数据集详情和空间差异表达基因列表/功能富集分析;点击表格最后一列的browse可查看数据集详情及相关基因的空间表达信息。

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Compare

比较任意两个数据集的空间基因表达谱。

数据库提供了两个网页来分别比较散点图/热图和折线图。对于每个图表,用户可以输入目标基因、样本等信息,比较网页中的图表包含上述部分中提到的所有选项和属性。

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Upload/Download

如果用户想分享自己的数据,可在Upload页面提供必要信息,开发团队将处理数据并添加到SpatialDB;用户可以通过Download页面下载所有数据。

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SpatialDB访问地址:https://www.spatialomics.org/SpatialDB.

参考文献
Fan Z, Chen R, Chen X. SpatialDB: a database for spatially resolved transcriptomes[J]. Nucleic Acids Research, 2020, 48(D1): D233-D237.
部分信息来源于“中科院之声”公众号,图片来源于SpatialDB和参考文献,如有侵权请联系删除。

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