助力科研抗疫,CNGBdb都做了什么?新冠数据实时共享、搭建新冠数据库、支撑新冠成果顶刊发表…

2020-07-27 251CNGBdb

北京时间7月20日,CNGBdb支撑COVID-19最新研究成果于Cell子刊Immunity杂志(IF=22.5)在线发表。

该项研究由中国疾控中心、深圳华大生命科学研究院、解放军总医院第五医学中心、北京地坛医院、深圳国家基因库等机构科学家联合完成,系统描绘了新冠患者外周血免疫细胞的整体免疫反应特征,发现新冠肺炎患者免疫响应模式与发病轻重程度有密切关联。

1-1.png

助力科研抗疫,CNGBdb一直在行动,过去的6个月我们都做了什么?

1月22日

第一时间发布新冠病毒组装数据

1-2.png

2020年1月3日,华大基因与中国科学院微生物研究所、山东第一医科大学通力合作完成了4条新冠病毒数据的组装,并第一时间上传至国家基因库生命大数据平台(CNGBdb),在进一步确认对末端序列的完成和相关伦理审批合规后,于2020年1月22日正式释放,项目编号:CNP0000881。

👉 数据链接:https://db.cngb.org/search/project/CNP0000881/.

1月30日

支撑CNP0000881项目文章柳叶刀发表

1-3.png

2020年1月30日,CNP0000881数据相关研究论文在医学顶刊柳叶刀(The Lancet)发表,标题为“Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding”。

👉 DOI:https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30251-8.

2月24日

发布病毒数据平台和新冠病毒数据库

1-4.png

2020年2月24日,CNGBdb发布「硬核双库」:病毒数据平台(VirusDIP)及其子库新冠病毒数据库(COVID-19 Database)v1.0版。目前VirusDIP已完成更新,实现COVID-19的实时数据资源、已发文献、分析工具全信息整合。

截至 2020-07-25 17:21:41,CNGBdb病毒数据平台(VirusDIP)
◆总数据量:GISAID EpiCoV™ 72,808条;CNGBdb COVID-19 Database 84,036条;
◆CNGBdb归档:140条新冠病毒组装数据(其中87条为公开数据),185条新冠病毒测序数据(其中123条为公开数据)。

👉 访问VirusDIP:https://db.cngb.org/virus/.

3月16日

成为GISAID的中国首个正式授权平台

1-5.png

2020年3月16日,深圳国家基因库与全球共享流感数据倡议组织(GISAID)达成战略性合作。CNGBdb成为GISAID的中国首个正式授权平台,与GISAID共同推进全球病毒基因组序列和相关信息资源可信共享机制的建设。

👉 访问GISAID EpiCoV™:https://db.cngb.org/gisaid/.

3月27日

上线新型冠状病毒基因组分析平台

1-6.png

2020年3月27日,由国家基因库和华大区块链共同开发的新型冠状病毒基因组分析平台在CNGBdb正式上线。该分析平台是我国首个基于区块链和安全多方计算技术搭建而成的平台,允许用户在不公布己方数据的前提下,联合其他科研人员协同分析并共享结果。

👉 新型冠状病毒基因组分析平台实操指南
👉 访问冠状病毒基因组分析平台:
https://db.cngb.org/virus/secure_evolution/visualization.

7月20日

支撑CNP0001102项目文章Cell子刊发表

1-7.png

北京时间2020年7月20日,CNP0001102数据相关研究论文于Cell子刊Immunity杂志在线发表,标题为“Single-cell sequencing of peripheral blood mononuclear cells reveals distinct immune response landscapes of COVID-19 and influenza patients”。目前CNP0001102项目只公开了数据元信息,单细胞原始测序数据及过程数据可通过国家基因库数据受控中心申请。

👉 DOI:https://doi.org/10.1016/j.immuni.2020.07.009.

截至7月25日

CNGBdb归档的新冠数据持续上升

1-8.png

截至2020年7月25日,CNGBdb归档:140条新冠病毒组装数据(其中87条为公开数据),185条新冠病毒测序数据(其中123条为公开数据),其中,未公开数据可通过国家基因库数据受控中心申请。

归档数据的项目编号分别为:CNP0000881、CNP0000944、CNP0000951、CNP0000955、CNP0000997、CNP0000998、CNP0001004、CNP0001099、CNP0001111。

👉 访问CNGBdb COVID-19 Database:https://db.cngb.org/virus/ncov.

新冠数据、分析工具、支撑文献持续更新中,可访问CNGBdb官网获取最新信息。

在此,致敬新冠肺炎疫情中每一位逆行者!

参考文献:
Zhu L, Yang P, Zhao Y, et al. Single-cell sequencing of peripheral blood mononuclear cells reveals distinct immune response landscapes of COVID-19 and influenza patients[J]. Immunity, 2020.
图片来源:来源于参考文献,Cell官网,The Lancet官网,CNGBdb官网。

上一篇下一篇

相关专题