用了这个数据库,外泌体的miRNA研究思路突然清晰了 | 外泌体研究数据库推荐

2020-07-23 167其它数据库

当外泌体和miRNAs组“CP”:越来越多的证据表明miRNAs可以作为细胞和细胞外囊泡(EVs)中有价值的病理和治疗生物标志物。

来自华中科技大学的研究人员开发了EVmiRNA数据库,提供了EVs的全面miRNA信息,侧重于miRNA分析和EVs中潜在调控信息,为在研究和应用领域中发现和探索EVs调控机制提供实用数据资源。其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。

1-1.png

通过对17种组织/疾病中462个EVs的miRNA表达谱数据集进行了整理和分析,EVmiRNA数据库包括EVs样本分类(来源/癌症和外泌体/MV)、每个样本的miRNA表达谱、top表达的miRNA、每种EVs类型特异性表达的miRNA,以及miRNA的功能和调控信息。

为什么要构建EVmiRNA?

缺乏提供EVs中详细miRNA表达谱的数据库

随着测序技术的发展,在不同条件下生成了大量EVs数据。对这些数据的全面调查将有助于EVs的miRNA生物标志物研究和对EVs介导的调控作用的认识。

虽然目前已经有一些数据库用于存储EVs的数据,例如Vesiclepedia、ExoCarta、EVpedia和exoRBase。然而,大多数数据库仅提供了外泌体和/或细胞微泡(MVs)中的蛋白/RNA/脂质列表,并没有提供EVs中详细的miRNA表达谱。

因此,研究团队搭建了一个名为EVmiRNA的数据库。通过对462个EVs数据集进行分析,其中包括来自17个组织和10种癌症类型的225个外泌体和236个MV样本,EVmiRNA提供了EVs的全面miRNA信息,包括miRNA在每种来源类型中的平均表达量、每个样本中的miRNA表达丰度、每种EVs类型的top表达miRNA和特异性表达miRNA、miRNA调控途径以及miRNA功能和已发文章列表。

1-2.png

EVmiRNA能做什么?

浏览功能

用户可以通过样本、miRNAs和特定miRNAs来浏览EVmiRNA。

样本浏览:在样本浏览页面上,样本分为外泌体组和MVs组。当点击外泌体或MVs源时,会打开页面显示所选EVs源中的miRNA表达热图、每个miRNA的平均表达值、样本摘要和详细样本信息,点击miRNA可得到其详细信息(基本信息、表达、pathway、功能、小分子药物、已发文章、靶基因);

miRNAs浏览: 可根据miRNA ID浏览,点击miRNA可得到其详细信息(基本信息、表达、pathway、功能、小分子药物、已发文章、靶基因);

特定miRNAs浏览:在左侧疾病列表选择疾病,得到miRNA列表,分别单击miRNA后就可以查看其表达的情况。例如发现某个miRNA在某个疾病中特异性高表达,那么我们就可以在自己的样本里面进行验证。

1-3.png

搜索功能

用户可以通过模糊匹配或miRNA表达水平和样本来源的miRNA ID进行搜索。搜索结果点击miRNA可得到其详细信息:基本信息、表达、pathway、功能、小分子药物、已发文章、靶基因。

1-4.png

数据下载

用户可在Document 页面查看数据概况及下载数据。

1-5.png

使用场景

如何用EVmiRNA找生物标志物?

寻找B细胞外泌体的miRNA生物标志物:
1. 在样本浏览页面选择B细胞;
2. 搜索结果列表中hsa-miR-155-5p是B细胞外泌体中表达量最高的miRNA;
3. 点击hsa-miR-155-5p获得其详情:在TCGA中,看到它在B细胞外泌体和两种血液恶性肿瘤弥漫性大b细胞淋巴瘤(DLBC)和急性髓系白血病(LAML)中高表达;信号通路部分的注释显示,hsa-miR-155-5p可能调控NFKB信号通路和B细胞受体信号通路;在hsa-miR-155-5p功能列表中通过对“B细胞”进行筛选,可以看到hsa-miR-155-5p在B细胞中的功能描述及其已发文献ID。 4. 搜索结果表明,hsa-miR-155-5p可能是一种潜在的B细胞外泌体生物标志物。

EVmiRNA访问地址:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA.

参考文献
Liu T, Zhang Q, Zhang J, et al. EVmiRNA: a database of miRNA profiling in extracellular vesicles[J]. Nucleic acids research, 2019, 47(D1): D89-D93.
图片来源于EVmiRNA和参考文献,如有侵权请联系删除。

上一篇下一篇

相关专题