蛋白组数据库推荐 | 正在做疾病相关蛋白磷酸化研究?可以试试这个数据库…

2020-07-09 555其它数据库

蛋白质的动态磷酸化修饰是细胞重要的信号转导分子机制,调控着广泛的生物学过程。来自中山大学肿瘤防治中心的研究人员开发了首个全面涵盖肿瘤和疾病相关重要磷酸化修饰动态水平的数据库:qPhos,为研究蛋白磷酸化修饰及其动态调控提供了一站式服务。其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。

研究团队通过收集已发表的定量磷酸化组数据,共整合了484种条件下18402个蛋白上199071个磷酸化位点的3537533个定量磷酸化信息,其中86%的数据来自肿瘤组织样本及相关细胞系。

为什么要构建qPhos?

缺乏用于磷酸化定量的数据库

高通量蛋白质组学技术的发展极大地促进了各种细胞和组织在不同条件下磷酸化蛋白质组的表达和定量研究。当前可用的数据库已包含许多人类蛋白磷酸化数据,例如 UniProt、HPRD、dbPTM,PhosphoSitePlus、SysPTM、PHOSIDA、dbPAF、Phospho.ELM、PhosphoPep、iPTMnet、PhosSNP、ActiveDriverDB、PTMcode等。

随着高通量磷酸化蛋白质组技术的不断改进和磷酸化蛋白质组数据集的迅速增加,开发了ProteomeScout和ProteomicsDB来存储蛋白质组和翻译后修饰(PTM)蛋白质组数据集并提供在线分析工具。尽管ProteomeScout数据库包含蛋白质定量信息,但磷酸化事件的定量仍然缺失。因此,研究团队开发了qPhos数据库来整合和存储磷酸化修饰动态水平的数据。

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qPhos能做什么?

搜索功能

用户可通过首页的快速搜索栏或高级搜索界面,输入感兴趣的蛋白、组织细胞类型、实验条件或蛋白功能,查询相关信息。

结果页面包含蛋白在Uniprot数据库的编号、基因名、磷酸化的氨基酸在蛋白中的位置、序列信息、样本名、样本类型、实验条件、检测方法、磷酸化差异结果及显著性。每一个条件都可以进行过滤筛选。

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浏览功能

在browse页面,数据库中的信息被分类为Condition,Sample,Gene,用户可以浏览并选择感兴趣的内容查看结果。

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qKinAct功能

qKinAct功能可以快速提供有用的激酶活性特征,以阐明激酶调节的磷酸化信号通路的动态。

用户可通过qKinAct功能提交定量磷酸化蛋白组的数据,从而得到激酶谱被激活的情况。使用时,用“*”表示被修饰的磷酸化位点。

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qPhos中相关数据信息仅对学术研究提供免费下载。

qPhos访问地址:http://qphos.cancerbio.info

参考文献
Yu K, Zhang Q, Liu Z, et al. qPhos: a database of protein phosphorylation dynamics in humans. Nucleic Acids Res. 2019;47(D1):D451-D458. doi:10.1093/nar/gky1052
图片来源:qPhos官网、参考文献,如有侵权请联系删除。

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