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小鼠基因活性数据库:不做动物实验,也能做基因分析

2019-07-03 43其它数据库

无论是医学、生物学还是化学等一系列涉及实验的学科都离不开小鼠:实验室首席体验官,它为人类生命科学的发展及医学进步做出了不可磨灭的贡献!

作为基础医学生的代表,尐尐呅学生时的愿望就是希望可以少杀生,因为“头七”、清明这些日子真的有点心虚...

近日,英国伦敦弗朗西斯·克里克研究所的科学家们构建了一个小鼠基因活性数据库,涵盖4.5W个基因,涉及10种不同感染性疾病,其提供了不同病原体免疫反应的基因表达情况。此项研究的数据发表在了《自然通讯》杂志上。

研究人员表示,小鼠基因活性数据库可供全世界同行查询小鼠感染疾病之后的基因活动数据,这或许能够大幅减少实验小鼠用量。

传统动物实验 VS 小鼠数据库

传统动物实验:研究人员必须造模(感染和筛选)后从小鼠身上获取样本,提取RNA并对其进行测序,以研究他们感兴趣的基因。

小鼠数据库:通过在线应用程序,研究人员将在不进行小鼠动物实验的情况下检测一系列疾病的任何基因活性。可能大幅度减少实验小鼠的使用。

小鼠数据库简介

通过在线应用程序:https://ogarra.shinyapps.io/MouseModules/,世界各地的研究人员可以查找感染了一系列病原体的小鼠肺和血液中的基因活性:弓形虫、流感病毒、呼吸道合胞病毒、急性伯克霍尔德氏菌感染、真菌白色念珠菌和屋尘螨。还可以找到李斯特菌、小鼠巨细胞病毒、疟疾和慢性伯克霍尔德氏菌感染的小鼠血液中的基因活性。此数据库中的基因活性数据是使用RNA-seq测序技术检测。

小鼠数据库实操体验

可视化基因表达分析


小鼠基因活性数据库_1

  1. 填写研究基因,如IFN-g
  2. 选择研究的数据集
  3. 选择图中显示值类型

定位基因

小鼠基因活性数据库_2
填写研究基因,如IFN-g,即可定位该基因在哪个数据模块

肺数据模块

小鼠基因活性数据库_3
小鼠基因活性数据库_4

科学家通过生物信息学方法把共同调控的基因簇根据功能分成了不同模块,例如上图所示为炎症/代谢模块的基因簇表达情况及基因簇中所包含的所有基因信息。

血液数据模块

小鼠基因活性数据库_5小鼠基因活性数据库_6

同样的血液数据模块也被分成了不同模块,同时血液模块中涉及了不同的疾病模型,例如上图所示为病原体感染小鼠的血液数据中核糖体功能模块的基因簇表达情况及基因簇中所包含的所有基因信息。

数据下载

小鼠基因活性数据库_7

根据需求可以选择相关模块,并且下载模块中的所有数据

想到从此可以放下屠刀,是不是有点小激动,赶紧去体验吧~~~

引用

The Francis Crick Institute. "Gene activity database could spare thousands of mice." ScienceDaily. ScienceDaily, 28 June 2019.
www.sciencedaily.com/releases/2019/06/190628120527.htm.

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