脂质组研究工具 | MS-DIAL 4中的脂质组图谱

2020-06-23 565其它数据库

为加速脂质组研究,来自日本、中国、美国、西班牙和捷克的研究团队共同开发了一种非靶向的脂质组学平台,并将它包装在MS-DIAL 4软件中,同时分析获得117个类型的8051种不同脂质的目录。此项研究成果已发表在《Nature Biotechnology》杂志。

研究团队在人体血液、小鼠组织、其他哺乳动物细胞、藻类和植物等一系列来源的1056个生物样本中分析了117个脂质亚类中的8051种独特脂质,其中6570种在分子物种水平上具有特征。

为什么要构建脂质组图谱?

脂质作为细胞膜的关键成分、信号分子和能量储存分子和底物,在生物学中扮演着重要的角色,它们的生物功能很大程度上是由脂质结构多样性(超过40000种化合物)驱动的。

目前尽管有各种脂质鉴定软件工具,但仍需要改进和系统的脂质注释和定量,特别是使用统计方法,如保留时间(RT)、碰撞横截面(CCS)、质量/电荷比(m/z)等。脂质组学数据的标准化将增加脂质注释、定量和命名的可信度。此外,自动化数据处理工作流将使科学界能够检索历史日志,并加速脂质体分析中的透明数据科学。

MS-DIAL 4中的脂质组图谱

研究团队共同开发了一种非靶向的脂质组学平台,将它包装在MS-DIAL 4软件中,并符合脂质体标准倡议(LSI)半定量定义和脂质结构简写标记系统。同时结合离子迁移率MS/MS,提供了一个包含RT、CCS和其他MS信息的全面脂质组图谱。

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通过表征生物样品中的脂质组信息,并根据实验数据而非计算机模拟进行配制,MS-DIAL 4覆盖范围优于现有脂质组学软件。

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使用来自8个独立平台(包括Waters、SCIEX、Thermo Fisher、Bruker和Agilent Technologies的机器)上用不同的提取方法、内部标准和仪器获得的3个LC-MS研究子集验证MS-DIAL 4。

MS-DIAL 4是无供应商的代谢组学和脂质组学软件,支持LC-IM-MS / MS(Agilent,Waters和Bruker平台)数据的所有处理程序。

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研究团队分析了117个脂质亚类中的8051种独特脂质,其中6570种在分子物种水平上具有特征,包括确认的酰基链特异性片段。所有结果,包括MS-DIAL源代码、质谱库和定义为LSI 2级或3级的半定量值,都在RIKEN PRIMe网站上进行管理,为推进生物标记物、药物开发和临床应用提供数据资源。

本次研究中所有的数据资源、程序包、源代码都可以在如下网址获取:http://prime.psc.riken.jp/

参考文献
Tsugawa H, Ikeda K, Takahashi M, et al. A lipidome atlas in MS-DIAL 4[J]. Nature Biotechnology, 2020: 1-5.
图片来源:参考文献和PRIMe平台,如有侵权请联系删除。

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