LncACTdb 2.0:疾病相关的ceRNA网络数据库 | 数据库推荐

2020-06-18 265其它数据库

作为中心法则的关键分子,RNA家族一直是研究热点,microRNAs (miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)....以及竞争性内源性RNA(ceRNA)调控机制。

来自哈尔滨医科大学的研究人员开发了LncACTdb 2.0数据库,覆盖不同物种和疾病中ceRNA的综合信息,为ceRNA研究提供宝贵的数据资源。其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。

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LncATCdb2.0数据库记录了疾病相关的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络数据,并提供功能富集分析,网络图可视化,生存分析等结果。目前该数据库覆盖23个物种和213种疾病/表型,记录了2663个实验支持的ceRNA互相作用,包含312个lncRNAs、131个编码mRNA,59个circRNA和16个假基因。

为什么要构建LncATCdb2.0?

缺乏专门用于收集、存储、分析具有实验结果支持的ceRNA数据库

越来越多的研究表明miRNAs受到存在有miRNA结合位点的lncRNAs,circRNAs,假基因等的调控,从而竞争性的影响miRNA与天然靶标mRNA的结合,即ceRNA调控机制,它可以在不同生理和病理过程中动态调节彼此间的表达。

目前,已经建立了几个数据库来管理miRNAs与其他分子之间的相互作用,例如starBase v2,DIANA-LncBase v2,miRSponge和PceRBase等。然而,这些数据库大都利用单一靶标方法预测相互作用,并且这些数据库中的物种仅限于人类,小鼠和植物。除了miRSponge存储了具有实验支持的11个物种的463个ceRNA关联外,还没有其他专有数据库用于收集、存储和分析具有实验结果支持的ceRNA信息以及综合注释。

为了解决上述需求,研究团队发布了LncATCdb2.0数据库。

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LncATCdb2.0中的数据统计信息

LncATCdb2.0能做什么?

查询功能

用户可以使用首页快速搜索框或者搜索模块(高级搜索)输入查询的信息(lncRNA, miRNA, 基因 , 疾病名称等),得到预测数据和实验支持数据两部分结果,其中预测数据部分搜索结果包括基本信息、ceRNA网络可视化、功能富集、疾病标志物、生存分析等;实验支持数据结果包含基本信息(构成该ceRNA调控网络的各种RNA分析的名字,相关的疾病等信息)。

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浏览功能

用户可在Browse页面浏览数据库中的预测数据集和实验支持数据集。

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用户还可以使用LncACTBrowser工具,导航转录本结构和可视化lncRNA转录本上的miRNA结合位点。

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自有数据分析功能

该数据库还提供了一种在线工具LncACT-Get, 可以上传自己的表达谱数据,然后进行ceRNA分析。

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数据下载功能

数据库中的信息是可以免费下载的。

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用户还可以提交序列在数据库中做Blast比对。

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首页右侧有“热点”模块可以让用户快速了解哪些分子是大家研究的热点;同时还提供了LncATCdb2.0的数据统计信息。

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LncATCdb2.0访问地址:http://www.bio-bigdata.net/LncACTdb/index.html

参考文献
Wang P, Li X, Gao Y, et al. LncACTdb 2.0: an updated database of experimentally supported ceRNA interactions curated from low-and high-throughput experiments[J]. Nucleic acids research, 2019, 47(D1): D121-D127.
图片来源:LncATCdb2.0官网、参考文献,如有侵权请联系删除。

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