数据资源 | Cell:人肠内分泌细胞mRNA和分泌组图谱

2020-05-27 226其它数据库

近日,来自荷兰的研究人员在《Cell》发表了其最新研究成果:通过分析人体肠内分泌细胞(ECC),得到了人EEC-TAG生物库和ECC mRNA及分泌组图谱,为深入了解人EEC的发育和功能提供了宝贵资源。

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ECC可以感知肠道内容物并释放激素,以调节全身的许多过程。研究团队开发了一个基于类器官的平台,用于研究人ECC,并生成mRNA和分泌组图谱。

ECC是什么?

肠道的主要功能是消化食物和吸收营养,但作为最大的激素产生器官,它也需要通过肠内分泌细胞(EEC)分泌激素。ECC是一种罕见的分泌细胞,占上皮细胞的1%以下,其感知肠内物质并释放激素以调节肠胃活动,全身代谢和食物摄入。同时,越来越多的研究表明ECC是代谢性疾病(即肥胖和糖尿病)的治疗靶点。

由于EEC的稀有性和缺乏生理相关的体外模型,对人类EEC的研究具有挑战性。几乎没有人类EEC永生化的细胞系,当前也没有人类EEC亚型图谱。尽管已在小鼠中描述了一些激素分泌的诱导剂,但尚无实验模型可系统地评估此类促分泌剂对人EEC的作用。因此,研究团队开发了一个基于类器官的平台,提供人类EEC的详细分子和功能描述。

主要研究结果

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研究团队通过瞬时表达NEUROG3在体外诱导EEC形成,设计了一套肠道类器官,其中的主要激素被荧光标记,构建了带有激素荧光报告原件的生物库EEC-TAG。

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利用类器官库进行单细胞RNA测序,利用2255个细胞(其中805个细胞经过BMP处理)构建了人EEC单细胞转录组图谱。

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比较了人EEC与鼠类EEC的主要区别(包括激素,感觉受体和转录因子)。

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通过液质联用(LC-MS)对EEC的分泌产物深入分析,再次证实近端(例如GAST,GHRL,MLN和CCK)和远端(例如PYY,NTS和GCG)肠类器官的特定激素加工和分泌。同时,研究人员还发现了一些新的EEC分泌产物,包括NPW,MIDKINE,VGF,和肽酶CPB1。

研究数据

这项研究的所有批量和单细胞RNA测序数据均已保存在Gene Expression Omnibus(GEO),数据编号GSE146799。原始MS数据存储在PRIDE中,数据编号PXD017468。

参考文献
Beumer J, Puschhof J, Bauzá-Martinez J, et al. High-Resolution mRNA and Secretome Atlas of Human Enteroendocrine Cells[J]. Cell, 2020.
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