癌症研究数据库推荐 | 肿瘤标志物这样找,事半功倍!

2020-05-22 1680其它数据库

早期发现癌症是对抗和控制日益增加的全球癌症发病率和死亡率负担的关键。使用循环肿瘤DNA(ctDNA),循环肿瘤RNA(ctRNA),循环肿瘤细胞(CTC)和细胞外囊泡(EV)进行基于血液的筛查在癌症的早期检测中显示了前景。

来自中山大学的研究人员开发了BBCancer数据库,为开发基于血液的癌症早期检测生物标志物提供最全面的数据资源。其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。

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BBCancer包含来自正常人和15种癌症类型的7184个样品的6种RNA分子表达数据(mRNAs/lncRNAs/miRNAs/circRNAs/tRFRNAs/piRNAs),其中包括5040个血液样品,是目前用于癌症生物标志物研究的最大血液样本数据资源。

为什么要构建BBCancer?

缺乏基于血液的癌症早期检测高通量基因表达数据的存储库

来自癌症患者的血液样本的高通量基因表达谱分析为开发用于早期检测癌症的新生物标志物提供了宝贵的资源。虽然相关研究团队已经开发了一些数据库,比如EVpedia和exoRBase等。然而,对于基于血液的专门用于癌症早期检测的高通量基因表达数据,仍然缺乏一个全面的在线存储库。

BBCancer是一个web访问的综合开放资源,在当前版本中,其包含来自正常人和15种癌症类型(包括乳腺癌,卵巢交界性肿瘤,宫颈癌,结直肠癌,食道癌,胃癌,肝癌,肺癌,胰腺癌和前列腺癌)的7184个样品的RNA表达数据,其中包括5040个血液样品。

BBCancer包括六种类型的RNA(19612个mRNA、10918个lncRNA、60306个circRNA、2568个miRNA、1231个piRNA和43459个tRFRNA)。

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BBCancer能做什么?

检索功能

为了便于研究作为早期癌症检测生物标志物的RNA的潜在临床意义,BBCancer提供了两个功能模块:基因表达丰度模块和差异基因表达模块,研究人员通过使用这两个模块可以在各种癌症类型之间鉴定出具有潜在临床意义的大量RNA。

  1. 基因表达丰度模块允许用户评估不同癌症类型的肿瘤和正常血液样本中目标RNA的表达水平。 
  2. 差异基因表达模块允许用户探索肿瘤样品与正常血液样品之间目标RNA的差异表达。

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浏览功能

BBCancer整合了788个血液分子标记,方便用户探索多种肿瘤组织的基因表达模式。

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下载功能

用户可以从“下载”页面下载数据库中的所有数据。

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BBCancer访问地址 👉 http://bbcancer.renlab.org/

小编碎碎念

上周的数据库推荐(👉不会做QTL分析,也能轻松找sQTL、eQTL、meQTL) 小编收到了热心小伙伴的留言,于是顺藤摸瓜又找到两个好用的国产癌症研究数据库,这两个数据库分别针对ncRNA(包括lncRNA和miRNA)的表达数量性状位点(ncRNA-eQTL)和可选择性多聚腺苷酸化数量性状位点(apaQTL),用法和之前介绍的三个数据库类似。

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参考文献
[1] Zuo Z, Hu H, Xu Q, et al. BBCancer: an expression atlas of blood-based biomarkers in the early diagnosis of cancers[J]. Nucleic acids research, 2020, 48(D1): D789-D796.
[2] Li J, Xue Y, Amin M T, et al. ncRNA-eQTL: a database to systematically evaluate the effects of SNPs on non-coding RNA expression across cancer types[J]. Nucleic acids research, 2020, 48(D1): D956-D963.
[3] Yang Y, Zhang Q, Miao Y R, et al. SNP2APA: a database for evaluating effects of genetic variants on alternative polyadenylation in human cancers[J]. Nucleic acids research, 2020, 48(D1): D226-D232.
图片来源:BBCancer官网、ncRNA-eQTL官网、SNP2APA官网、参考文献,如有侵权请联系删除。

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