不会做QTL分析,也能轻松找sQTL、eQTL、meQTL | 癌症研究数据库推荐

2020-05-15 77其它数据库

单核苷酸多态性(SNPs)是人类最常见的遗传变异,是研究疾病遗传基础的宝贵资源。在相关疾病研究中,常常涉及将基因表达的变异与基因型联系起来的表达数量性状位点(eQTL)分析;与表观调控相关的DNA甲基化数量性状位点(meQTL)分析;影响剪接调控的剪接数量性状位点(sQTLs)分析。

科研萌新不会做QTL分析,如何找eQTL、meQTL、sQTL?给大家推荐3个非常好用的癌症研究数据库套装:PancanQTL、Pancan-meQTL、CancerSplicingQTL。

PancanQTL

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PancanQTL包含cis-eQTL分析中的5606570对eQTL基因和trans-eQTL分析中中的231210对eQTL基因;其中22212个eQTL与患者总体生存相关;337131个eQTL与现有GWAS位点重叠。

PancanQTL提供Cis-eQTLs, Trans-eQTLs, Survival-eQTLs及GWAS-eQTLs的查询和下载功能,其中查询功能可根据需求填写癌症类型、SNP ID、基因信息、连锁不平衡r²进行单一条件或多条件搜索,下载功能可根据癌症类型一键下载相关数据。

Pancan-meQTL

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Pancan-meQTL包含8028964个顺式和965050个反式meQTL;其中23432个meQTL与患者总生存时间相关;2214458个meQTL与现有GWAS位点重叠。

Pancan-meQTL提供Cis-meQTLs, Trans-meQTLs, Survival-meQTLs及GWAS-meQTLs的查询和下载功能,其中查询功能可根据需求填写癌症类型、SNP ID、基因信息、甲基化探针ID进行单一条件或多条件搜索,同时还可点击pancan-meQTLs进行单一条件或多条件批量查询,下载功能可根据癌症类型一键下载相关数据。

CancerSplicingQTL

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CancerSplicingQTL包含4599598个sQTLs;17072个sQTLs与患者总生存时间相关;1180132个sQTLs与已知的GWAS连锁不平衡区域重叠。

CancerSplicingQTL提供sQTLs, Survival-sQTLs及GWAS-sQTLs的查询和下载功能,其中查询功能可根据需求填写癌症类型、SNP ID、基因信息、连锁不平衡r²、表型进行单一条件或多条件搜索查询,下载功能可根据癌症类型一键下载相关数据。

动动你的手指,来试试这个癌症研究数据库套装吧!

参考文献
[1]Gong J, Mei S, Liu C, et al. PancanQTL: systematic identification of cis-eQTLs and trans-eQTLs in 33 cancer types. Nucleic acids research 2018;46:D971-D6
.[2] Gong J, Wan H, Mei S, et al. Pancan-meQTL: a database to systematically evaluate the effects of genetic variants on methylation in human cancer. Nucleic acids research 2018.
[3] Gong J, Wan H, Mei S, et al.Pancan-meQTL: a database to systematically evaluate the effects of genetic variants on methylation in human cancer.Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D1066-D1072.
图片来源:PancanQTL、Pancan-meQTL、CancerSplicingQTL官网、参考文献,如有侵权请联系删除。

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