转录调控研究数据库推荐 | 你要找的ChIP-seq数据都在这里啦!

2020-04-17 1417其它数据库

染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量测序,使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。

来自同济大学的研究人员开发了人类和小鼠ChIP-seq和染色质可及性数据库:Cistrome DB (Cistrome Data Browser),为转录和表观遗传调控研究提供最全面数据资源。其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。

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Cistrome DB 第一版于2017年发布,收集了2016年1月1日之前发布的ChIP-seq和染色质可及性数据(DNase-seq和ATAC-seq),包括13366人和9953小鼠样品。

Cistrome DB更新版于2018年发布,包含大约47000个人类和老鼠样本,与第一版相比,新收集了大约24000个数据集。研究团队将持续维护数据库,纳入新的数据,并开发新的特性,以帮助加快疾病及生物过程基因调控机制的研究。

为什么要构建Cistrome DB?

解决ChIP-seq和染色质可及性数据标准化使用问题

全基因组范围内的转录因子(TF)和染色质调节剂结合位点,组蛋白修饰和染色质可及性的鉴定对于控制生物过程(如分化,致癌作用和细胞对环境干扰的反应)的常规转录调控至关重要。

尽管迅速积累的公开ChIPseq、DNase-seq和ATAC-seq数据是系统研究基因调控过程的宝贵资源,但缺乏标准化的提取、质量控制和分析程序阻碍了这些数据的广泛使用。为克服这一挑战,研究人员构建了Cistrome DB,该数据库中的所有数据都经过精心整理和简化分析处理,并通过全面的质量控制评估,为转录和表观遗传调控研究提供全面、实用的数据资源。

Cistrome DB能做什么?

检索功能

实验前经常会要找转录因子的靶基因、找已发表的ChIP-seq数据...Cistrome DB提供检索工具,通过关键词检索或物种、来源、因子类型一步步限定搜索范围,用户可查看详细的数据注释、分析结果和单个数据集的详细信息(数据的QC情况、motif分析结果、潜在的靶基因预测)、同时还可以在基因组浏览器中查看数据的分布及下载分析的结果文件。

分析工具包

Toolkit旨在帮助用户轻松地从Cistrome DB的大量数据集中提取有效信息:1)输入基因名称, 查看有哪些转录因子可能调控该基因;2)输入基因组区域,查看有哪些转录因子可能结合在该区域;3)输入peak结果,查看哪些转录因子的结果与你的输入结果有明显的overlap,可以用于转录因子的colocation分析。

批量数据下载

在遵循Cistrome DB数据使用条款的前提下,可以申请相关数据的批量下载。
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Cistrome DB访问地址:http://cistrome.org/db.

参考文献
[1] Zheng R, Wan C, Mei S, Qin Q, Wu Q, Sun H, Chen CH, Brown M, Zhang X, Meyer CA, Liu XS. Cistrome Data Browser: expanded datasets and new tools for gene regulatory analysis. Nucleic Acids Res, 2018 Nov 20. Doi: 10.1093/nar/gky1094.
[2] Mei S, Qin Q, Wu Q, Sun H, Zheng R, Zang C, Zhu M, Wu J, Shi X, Taing L, Liu T, Brown M, Meyer CA, Liu XS. Cistrome data browser: a data portal for ChIP-Seq and chromatin accessibility data in human and mouse. Nucleic Acids Res, 2017 Jan 4;45(D1):D658-D662. Doi: 10.1093/nar/gkw983.
图片来源:Cistrome DB官网、参考文献,如有侵权请联系删除。

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